《X戰警：逆轉未來》是壹部以時間旅行為主題的超級英雄電影，其中包含著許多彩蛋。其中最為重要的壹個彩蛋是在電影最後所描繪的未來中，所有的X戰警成員都依然健在，包括了在前幾部中被殺死的角色。這個彩蛋向觀眾展示了電影中的時間旅行事件，完全逆轉了之前所發生的壹切事件。
除此之外，電影中還隱藏了壹些影射之前的電影的彩蛋。比如，在電影中，X教授說：“我們無法選擇我們會出現在哪裏，但我們可以決定我們要成為什麽樣的人。”這句話是電影前作《X戰警：第壹戰》中鳳凰女講過的壹句話，至於這個彩蛋是否真的意味著鳳凰女將會回歸，還需要觀眾自己去解讀。
除此之外，還有壹些彩蛋十分有趣，比如說在片頭的彩蛋卡通中，莫爾德博士出現了。此外，電影中還有壹些象征性的細節，比如未來世界中X戰警服裝的顏色都被淡化為黑白兩色，還有獵人麥卡倫食用的食物也相應變為彩色。這些小細節都彰顯了電影制作團隊對細節的追求，同時也向觀眾們展示了電影的另外壹個層面。