中國藥學會的主要任務是開展藥學科學技術的國內外學術交流；編輯出版、發行藥學學術期刊、書籍；發展同世界各國及地區藥學相關團體、藥學科學技術工作者的友好交往與合作；舉薦、表彰、獎勵在科學技術活動中取得優異成績的藥學科學技術工作者；開展對會員和藥學科學技術工作者的繼續教育培訓；普及推廣藥學以及相關學科的科學技術知識；反映藥學科學技術工作者的意見和要求，維護藥學科學技術工作者的合法權益；接受政府委托，承辦與藥學發展及藥品監督管理等有關事項，組織藥學科學技術工作者參與國家有關項目的科學論證和科學技術咨詢；開展醫藥產品展示、提供醫藥技術服務與推廣科研成果轉化等活動；舉辦為會員服務的事業和活動；依法興辦符合本會業務範圍的事業與企業單位。
中國藥學會主管單位位中國科學技術協會，辦事機構為秘書處，行政掛靠國家食品藥品監督管理局。秘書處內設辦公室、組織工作部、學術部、編輯出版部、繼續教育與科普部、國際交流部、科技開發中心。