鄉鎮企業系統內部審計機構應接受同級國家審計機關和上級內部審計機構的業務指導。第七條 內部審計機構的負責人由本部門、本單位任免，並應征求上壹級內部審計部門的意見。第八條 市、縣(市)區級鄉鎮企業內部審計機構的主要職責是：
(壹)貫徹國家和省、市有關審計工作的法律、法規和方針政策；
(二)組織和指導內部審計機構的組織建設和制度建設；
(三)有計劃地對鄉鎮企業及其直屬單位進行重點審計；
(四)總結典型，交流經驗；
(五)開展審計人員業務培訓。
鄉(鎮)級鄉鎮企業內部審計機構的主要職責是：
(壹)依據國家財經法規和有關規章制度，對所屬的鄉鎮企業的財務收支及其經濟活動進行全面的審計監督；
(二)幫助企業建立健全內部控制制度，提高企業經濟效益。
第九條 鄉鎮企業內部審計人員必須經過鄉鎮企業主管部門的培訓、考試、考核合格後，持農業部頒發的審計證上崗。第十條 鄉鎮企業系統各部門、各單位可按國家的有關規定，評定內部審計人員的專業技術任職資格，聘任內部審計人員。第十壹條 內部審計人員應依法行使審計職權，做到忠於職守、堅持原則、客觀公正、廉潔奉公、保守秘密。不得濫用職權、徇私舞弊、泄漏機密、玩忽職守。第十二條 內部審計人員依法行使職權受國家法律保護，任何單位和個人不得打擊報復。第十三條 鄉鎮企業內部審計機構按下列範圍進行審計：
(壹)資金及其效益審計：審查企業資金和各項投資的來源及其使用效益情況，包括財政、稅務及企業主管部門扶持鄉鎮企業資金、引進聯合資金、企業自籌資金等。
(二)財務收支審計：審查企業財務活動的真實性、財務核算的準確性、財務收支的合法性；審查銷售收入、費用、成本、利潤和利潤分配，各項專用基金提取和使用以及賬款、賬物、賬表、賬賬等是否相符。
(三)廠長(經理)經濟責任審計：審查承包、租賃等經營合同的真實性、合法性和完整性，雙方責、權、利的明確性，承包、租賃基數的合理性。廠長(經理)離任時，對其任期目標、經濟責任的審計。
(四)財經法紀審計：對嚴重違反財經紀律、侵占國家和集體資財、嚴重損失浪費、損害國家和企業利益行為進行專案審計。
(五)接受審計機關及上級內部審計機構委托的審計事項。
(六)部門、單位領導交辦的其他審計監督事項。第十四條 內部審計機構根據所在單位的規定，可以對有關經濟活動實行審簽制度。第十五條 鄉鎮企業內部審計機構具有下列職權：
(壹)檢查憑證、賬表、資金和財產，查閱有關的文件和資料，被審計單位必須如實提供，不得拒絕和隱匿；
(二)對審計中的有關事項，進行調查並索取證明材料，有關部門、單位和個人應積極配合，不得設置障礙；
(三)對正在進行的嚴重違反財經法紀、嚴重損失浪費行為，作出臨時的制止決定；
(四)對阻撓、破壞審計工作以及拒絕提供有關資料的，經單位領導人批準，可以采取必要的臨時措施，並提出追究有關人員的責任的建議；
(五)提出改進管理、提高效益的建議以及糾正、處理違反財經紀律行為的意見；
(六)對嚴重違反財經紀律和造成嚴重損失浪費的人員，提出追究責任的建議；
(七)對審計工作中的重大事項，向對其進行指導的上級內部審計機構和國家審計機關反映；
(八)對遵守和維護財經法紀、經濟效益顯著的單位和個人，提出通報表揚和獎勵的建議；
(九)行使部門和單位領導在管理權限範圍內授予的經濟處理、處罰的權限。