軍統1938 年8月成立。前身是軍事委員會密查組（1927年建）、復興社特務處（1932年4月建）、軍事委員會調查統計局第二處（1937年建）。主要負責人為戴笠。特工人員最多時近5萬名，分布到國民革命軍、警察、行政機關、交通運輸機構，乃至駐外使領館，專門以監視、綁架、逮捕和暗殺等手段進行活動。
軍統局在許多地方設有集中營、秘密監獄和看守所，囚禁和迫害***產黨人、進步人士和革命學生。1943年軍統和美國海軍參謀部情報署合作，***同組成中美特種技術合作所。抗日戰爭期間，軍統也從事壹些搜集敵方情報並對敵施行恐怖活動，因此，對打擊日本侵略者及漢奸起到了積極的作用。
1946年軍統局進行改組，其公開特務武裝部分與軍委會軍令部第二廳合並為國防部第二廳，由鄭介民任廳長；秘密核心部分組成國防部保密局，毛人鳳為局長。1949年，軍統主要機構撤至臺灣。