上海話拼音輸入法和普通話拼音有區別嗎？

當然有區別。普通話和上海話是兩種語言嘛，漢字讀音、詞匯、語法都有差別，尤其是語音，因為普通話和古漢語差距太大，而上海話又保留了很多古漢語特征。

舉幾個例子：

普通話裏沒有漢語的濁音，所以漢語拼音裏用濁音符號例如b、d、g來表示不送氣清音，而用p、t、k來表示送氣清音。上海話既有不送氣清音、送氣清音也有濁音，所以有三套對立聲母。錢乃榮教授的輸入法用bh、dh、gh來表示濁音。比如“德”dek，“脫”tek，“特”dhek。

普通話只有漢語四聲“平”、“上”、“去”、“入”中的三聲，沒有入聲（普通話拼音把平聲拆成兩個音調——第壹聲、第二聲，也算湊了四聲）。上海話拼音用-k後綴來表示入聲韻尾。比如“壹”字是入聲字拼作yik，“國”字拼作gok。

上海話還有很多普通話沒有的聲母比如後鼻音聲母ng，韻母oe等等。