山東省財政廳內設19個職能處室和省農村綜合改革辦公室、離退休幹部處、機關黨委。職能處室分別是：辦公室、綜合處（掛省清理規範津貼補貼辦公室牌子）、法規處、稅政處、預算處、國庫處、政府采購監督管理處、行政政法處、教科文處、經濟建設處、農業處、社會保障處、企業處、金融與國際合作處（掛省世界銀行貸款管理辦公室牌子）、基層財政管理處、會計處、行政事業資產處（掛省清產核資辦公室牌子）、監督檢查局、人事處。
辦公室
主要任務：組織協調廳機關日常工作；擬訂工作制度、工作計劃並監督實施；負責廳機關文電、信息宣傳、機要、檔案、安全保密、應急管理、信訪、政務公開、督查督辦、會議組織等工作；負責廳機關綜合性文稿起草、政策研究等工作；負責廳機關財務、國有資產管理工作；指導廳直屬單位和派出機構財務、國有資產管理工作。
綜合處 （省清理規範津貼補貼辦公室）
主要任務：分析預測宏觀經濟形勢並提出有關政策建議；研究提出有關收入分配政策和改革方案；管理住房改革資金；會同有關部門擬訂土地、礦產等國有資源收入政策；擬訂政府非稅收入管理制度和政策，會同有關部門審批和申報行政事業性收費的立項；承擔彩票管理的有關工作；承擔清理規範公務員津貼補貼的具體工作；制定財政票據管理規章制度。
法規處、稅政處 （合署）
法規處主要任務：審核上報財政、稅收、相關國有資產管理的地方性法規、規章立法計劃，組織擬訂有關法規、規章草案；審核其他法規、規章草案中有關財政稅收的條款；承擔廳機關有關規範性文件的合法性審核工作；承辦國家賠償費用管理工作；承擔有關行政復議、行政應訴工作。
稅政處主要任務：提出實施稅制改革和地方性稅種增減、稅目稅率調整、減免稅以及對省級財政影響較大的臨時性特案減免稅等重大事項的建議；提出關稅和進口稅收政策建議；擬訂省管理權限內的稅收政策；開展稅源調查分析；承辦國務院關稅稅則委員會辦公室交辦的有關事項；負責地方稅務方面的部門預算有關工作。
預算處
主要任務：提出財政政策、財政體制、預算管理制度和中長期財政規劃的建議；編制年度省級預決算草案，辦理預算追加事宜；承擔省級部門預算審核、批復、調整工作；承擔省級部門支出標準體系建設及項目庫管理工作；研究建立財政支出績效評價制度和評價體系；承擔省對市、縣（市、區）的轉移支付工作，匯總年度全省財政預算；負責直接管理納入改革範圍的縣（市）財政工作；擬訂地方政府性債務管理制度和辦法；管理財政預算內行政機構、事業單位和社會團體的非貿易外匯。
國庫處
主要任務：組織預算執行及分析預測；組織執行總預算會計、行政單位會計及政府會計制度；組織擬訂國庫管理制度、國庫集中收付制度；管理省級財政和預算單位賬戶、財政決算及總會計核算；負責省級財政資金調度；承擔國庫現金管理的有關工作；承擔國債、地方政府債券發行和兌付有關工作。
政府采購監督管理處
主要任務：擬訂政府采購規章制度和有關政策；擬訂年度省級單位政府集中采購目錄和有關限額標準；負責省級單位政府采購計劃編制審核，采購方式審批；負責政府采購代理機構資格認定；承擔政府采購信息管理、聘用專家管理、投訴處理、省級集中采購機構考核與業務指導等工作。
行政政法處
主要任務：承擔行政、政法、外事等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；擬訂行政性經費的財務管理制度和國（境）外機構人員生活待遇標準，參與擬訂監獄、勞教等系統有關財務管理辦法；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；承擔統壹著裝管理有關工作。
教科文處
主要任務：承擔教育、科技、文化等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；擬訂事業單位通用的財務管理制度，擬訂新聞、出版和電影行業的財務管理制度；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；承擔義務教育經費保障機制改革的具體工作，按規定管理重大科技專項資金。
農業處
主要任務：承擔農業、林業、水利等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；擬訂財政支農資金管理辦法和相關行業財務管理制度；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；管理支農專項資金，管理政策性農業和扶貧專項貸款貼息，統籌安排財政扶貧資金。
社會保障處
主要任務：承擔人力資源和社會保障、民政、衛生等方面的部門預算有關工作，擬訂相關財政政策；提出所聯系部門和單位的年度預算安排建議，審核其年度財務決算；會同有關部門管理省級財政社會保障和就業及醫療衛生支出、擬訂有關資金（基金）財務管理制度；承擔社會保險基金財政監管工作；編制省級社會保障預決算草案；匯總審核全省社會保險基金預決算草案。
金融與國際合作處（省世界銀行貸款管理辦公室）
主要任務：擬訂地方金融類企業財務管理制度，按規定承擔地方金融類企業國有資產管理有關工作；擬訂擔保業相關政策、制度並實施監督管理；承擔政府外債的有關管理工作，按規定管理外國政府貸（贈）款；研究分析涉外財經問題，負責我省與國（境）外財經交往與合作事宜；參與貸（贈）款、擔保和聯合融資的對外談判、轉貸（贈）、償還工作，監督資金的使用；承擔清潔發展機制基金和項目管理有關工作。
基層財政管理處
主要任務：負責契稅、耕地占用稅的征收管理；擬訂鄉鎮財政財務管理的有關制度、辦法並組織實施，指導鄉鎮財政、財務管理；監督管理村級財政資金；監督檢查財政用於“三農”的資金使用情況；指導全省“鄉財縣管鄉用”改革工作。
會計處
主要任務：提出會計改革的政策建議，擬訂有關規章制度；指導和監督註冊會計師、會計師事務所業務工作；負責會計從業資格管理工作；按規定承擔會計專業技術資格管理工作；組織指導會計人員的業務培訓；指導和監督會計電算化工作；指導和管理社會審計。
行政事業資產處 （省清產核資辦公室）
主要任務：擬定行政事業單位國有資產管理規章制度並組織實施；指導監督全省行政事業單位國有資產管理工作；按規定承擔省級行政事業單位國有資產管理有關工作。
監督檢查局
主要任務：擬訂財政監督檢查的政策和制度；監督財稅法規、政策執行及預算編制和執行情況，承擔監督檢查會計信息質量和註冊會計師行業執業質量的有關工作，依法查處違法行為；檢查反映財政收支管理中的重大問題，提出加強財政管理的政策建議；管理與指導財政檢查辦事處業務工作。
人事處
主要任務：負責廳機關、直屬單位和派出機構的人事管理、機構編制工作；指導本系統教育培訓工作和隊伍建設。
省農村綜合改革辦公室
主要任務：擬訂全省農村綜合改革規劃、方案和政策措施，指導和推動全省農村綜合改革；承擔省農村綜合改革領導小組的具體工作。
離退休幹部處
主要任務：負責廳機關離退休人員的管理服務工作，指導廳直屬單位離退休人員的管理服務工作。
機關黨委
主要任務：負責廳機關和直屬單位的黨群工作。
紀檢監察室
主要任務：根據省紀委、省監察廳和廳黨組、紀檢組的部署，負責廳機關、直屬單位和派出機構的紀檢監察工作。