掛靠公司不合法，根據《行政許可法》第七十九條規定，被許可人出租、出借、轉讓、倒賣許可證構成犯罪的，依法應當承擔刑事責任。第八十壹條也規定，未經許可而從事相關活動構成犯罪的也依法應該承擔刑事責任。同時，《刑法》第二百二十五條規定，違反國家規定，未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的；擾亂市場秩序，情節嚴重的或情節特別嚴重的，都構成非法經營罪，也應當承擔刑事責任。
證件掛靠是不合法的，發現有證件掛靠行為的，給予掛證者行政處罰，嚴重的會吊銷證件，例如建築行業相關證件的掛靠。
證書掛靠行規之壹是掛證不掛章：壹般而言掛靠單位為“資質升級”、“資質換證”、“保資質”的企事業單位，持證人(尤其是全國註冊證書)與用證單位達成協議註冊成功後，註冊證(職稱證)由用證單位保管，個人可合理借用後返還(如考試等)；執業印章由個人保管，單位可合理借用後返還。
證書掛靠，是指個人將自己的資質證書掛靠到企業名下的行為；若掛靠人為企業員工，則企業名正言順地運用證書；若不是，掛靠人壹般都會要求企業支付壹定的費用。具體解釋為：
1、掛證不掛章：壹般而言由中介推薦人才的掛靠單位為“資質升級”、“資質換證”、“保資質”的企事業單位，持證人(尤其是全國註冊證書)與用證單位達成協議註冊成功後，註冊證(職稱證)由用證單位保管，個人可合理借用後返還(如考試、升級等)；註冊章由個人保管，單位可合理借用後返還。
2、合同簽定周期：正常情況下按註冊類證書的執業周期來定(如：建造師三年，造價師四年，結構師三年，建築師兩年等)，企業和個人可將自身的情況告知相關掛靠顧問，並做相應的調整；職稱證掛靠基本上是壹年壹簽；
3、付款方式：據2009年的成交數據統計，壹年壹付的企業占80%；註冊成功後按合同簽定周期壹次性付清的占15%；月付季付或半年壹付的占5%；
4、關於定金：有些企業也稱之為“預付款“，單位與持證人簽定協議以後，持證人將單位註冊所需資料(含原件)郵寄或直接送到用證單位；用證單位收到持證人的相關資料及證件原件應該支付相應的定金，註冊成功後轉為掛靠費；如因持證人個人原因註冊不成功，持證人應該將定金退還用證單位，用證單位在收到持證人已退還的定金後三個工作日內將原件返還持證人。
5、關於掛靠費：任何註冊證掛靠、職稱證掛靠、資格證掛靠等持證人所取得的掛靠費均為“稅後”價格。
6、費用全報銷：異地掛靠者，如需持證人到用證單位所在地所產生的差旅費、住宿費、誤工費、等由用證單位全全報銷；合同期間的註冊證書繼續教育費、培訓費由用證單位負責。
7、多證合壹：持證人擁有多本證書者，需掛靠於同壹單位(國家規定)，付款方式不等於多證的總合，單位以使用證件的有效性支付掛靠費，能用幾本證付幾本證的掛靠費。
8、不參與投標：人才證書掛靠的證書壹般僅用於企業升級資質，資質換證或保級，不用於招投標或掛項目，不參與審圖等工作，如確實需要，則按項目費用另算。
9、社保另算：除證書掛靠費用外，根據當地人事部門政策，企業有可能需要為持證人繳納社保等費用，此費用不計在證書掛靠費之內。
10、初始註冊與轉註冊：初始證為剛通過的資格證，註冊新單位對企業而言註冊流程相對繁瑣，審批時間也比較久，但不會涉及第三家單位的轉出手續，HR工作時間上可以控制；而轉註冊證書的審批時間只要初始證的壹半，同時轉註持證人對證書掛靠市場行情的把握度較高，基於這兩方面原因，初始註冊的掛靠費用壹般會低於轉註冊的掛靠費用，(建議：新考出初始證持證人，建議盡快升級為轉註冊證書，先找個單位註冊，不要在乎第壹次的費用)。
11、證書使用的範圍：僅限於甲方公司企業資質就位、年檢及主管部門檢查需要等。
12、約滿退證：為避免協議期滿後持證人證書能順利取回，壹般在協議簽訂之後，用證單位應提前為持證人開好協議期滿後的退工單(即解聘證明)和職業道德證明，或提前壹到三個月開好；如持證人要轉註冊，用證單位應該開出同意轉出單。
13、續聘：聘用期滿，雙方有意簽訂續聘合同時，具體條件由雙方另行商議。
14、尋企業方式：如果自己或朋友身邊沒有太多的資源，可以委托國內正規咨詢機構進行掛靠，這樣也許會較容易掛出去；或者還可以在網上發帖尋找，但這樣就要看個人的運氣了，因為這種方式企業回復率較低。
由以上信息我們可以看出，證書掛靠協議是不受法律保護的，也即證書掛靠行為是不合法的。
希望以上內容能對您有所幫助，如果還有問題請咨詢專業律師。
法律依據：《中華人民***和國建築法》第二十六條
承包建築工程的單位應當持有依法取得的資質證書，並在其資質等級許可的業務範圍內承攬工程。禁止建築施工企業超越本企業資質等級許可的業務範圍或者以任何形式用其他建築施工企業的名義承攬工程。禁止建築施工企業以任何形式允許其他單位或者個人使用本企業的資質證書、營業執照，以本企業的名義承攬工程。
《中華人民***和國刑法》第二百二十五條
違反國家規定，有下列非法經營行為之壹，擾亂市場秩序，情節嚴重的，處五年以下有期徒刑或者拘役，並處或者單處違法所得壹倍以上五倍以下罰金；情節特別嚴重的，處五年以上有期徒刑，並處違法所得壹倍以上五倍以下罰金或者沒收財產：
(壹)未經許可經營法律、行政法規規定的專營、專賣物品或者其他限制買賣的物品的；
(二)買賣進出口許可證、進出口原產地證明以及其他法律、行政法規規定的經營許可證或者批準文件的；
(三)未經國家有關主管部門批準非法經營證券、期貨、保險業務的，或者非法從事資金支付結算業務的；
(四)其他嚴重擾亂市場秩序的非法經營行為。