1、系統盤清理後將緩存清理幹凈，而適量的緩存可以加快程序以及網頁的再次加載速度。會導致開啟常用網站或者程序時加載速度稍慢。但此壹項影響不大。
2、清理時會將系統的日誌文件等清理，對維修診斷電腦的故障有壹定影響。但此項壹般對管理員比較有用，普通用戶受影響不大。
3、而壓縮舊文件時計算哪些文件要壓縮，以及壓縮後的性能會花費大量的時間。而且在壹些系統中，“磁盤清理”程序還會在處理過程中失去響應。而且對系統性能有壹定影響（如系統要再次使用到這些文件時需要有壹個解壓的過程）且對CPU性能不是特別強的電腦影響更大。
現在的硬盤容量動輒上百G，而XP安裝系統分區壹般有20G左右就夠了，只要不是硬盤太小，壹般沒有必要選擇壓縮舊文件。