兩者均屬放射免疫技術，但有所不同，主要包括：
(1)標記物在RIA中核素標記抗原，在IRMA中核素標記抗體。抗原有不同種類，根據其化學結構，標記時需用不同的核素和不同的方法。抗體為蛋白質，有利於碘化標記，不同抗體標記方法基本相同。標記抗體的比活度高，提高了分析的靈敏度。
(2)反應速率反應速度與反應物的濃度呈正比，在IRMA中標記抗體是過量的，而且不存在競爭性結合復雜的反應，所以反應速度較RIA快。在RIA中抗體量是微量的，所以壹定要用高親和力的多克隆抗體，而在IRMA中應用親和力較低的單克隆體也能得到滿意的結果。
(3)反應原理RIA為競爭抑制，測得放射性的量與受檢抗原呈反比。IRMA為非競爭結合，劑量反應曲線為正相關的直線關系。
(4)特異性在位點IRMA中，壹般均應用針對不同位點的單克隆抗體，其交叉反應率低於應用多克隆抗體的RIA。
(5)靈敏度和檢測範圍標準曲線的工作濃度通常RIA的工作範圍為2～3個數量級，而RIMA可達3個數量級以上。
(6)分析誤差RIA中加?的抗體和標記抗原都是定量的，加樣誤差可嚴重影響測定結果。IRMA中標記和固相抗體在反應中都是過量的，只有受檢標本的加樣誤差才會影響分析結果。因此，IRMA的批內和批間變異均比較小。
(7)其他RIA可以測定大分子量與小分子量的物質，雙位點IRMA只能測定在分子上具有2個以上抗原表位的物質。