根據百度文庫查詢得知，ITS序列鑒定真菌的原理是基於ITS序列的高度變異性和物種特異性。ITS序列是內源轉錄間隔區，位於真菌18S、5.8S和28SrRNA基因之間，分別為ITS1和ITS2。
在真菌中，5.8S、18S和28SrRNA基因具有較高的保守性，而ITS由於承受較小的自然選擇壓力，在進化過程中能夠容忍更多的變異，在絕大多數真核生物中表現出極為廣泛的序列多態性。同時，ITS的保守型表現為種內相對壹致，種間差異較明顯，能夠反映出種屬間，甚至菌株間的差異。並且ITS序列片段較小（ITS1和ITS2長度分別為350bp和400bp），易於分析，目前已被廣泛用於真菌不同種屬的系統發育分析。