沈陽海關現有辦公室14個，包括辦公室(隸屬副司局級法規處)、通關管理辦公室(隸屬副司局級單證審核中心)、人事教育處、征管統壹處、監管處、技術室、調查局、財務室、思想政治工作處、監察稽核處、代理服務中心。認可機構為:現場業務處、機場處、撫順處、遼陽處。下屬機構為沈陽海關緝私局、錦州海關、葫蘆島海關、開發區海關1副局級單位。目前，全關區共有幹部職工430人。
沈陽海關堅持新時期“依法行政、守護國門、服務經濟、促進發展”的海關工作方針，全面加強隊伍建設。通過加大教育培訓力度，初步形成了與公務員制度相配套的教育培訓體系，培養了壹支敬業、廉潔、精通的海關隊伍。此外，政務公開和社會服務承諾制度在海關所有業務場所全面推行，海關執法行為置於全社會監督之下。同時，沈陽海關堅持把海關工作放在經濟建設的大局中思考，最大限度地把海關的職能與國家經濟建設發展的需要結合起來。在嚴格依法行政，強化海關監管職能，全面完成監管、稅收、緝私、統計等工作的同時，把維護貿易秩序和促進貿易效率有機統壹起來。按照建立現代海關制度的要求，積極改革傳統海關監管模式，深化通關作業改革，結合關區實際，制定了壹系列支持區域外貿發展、支持遼寧省大中型國有企業擴大外貿的措施，為地方經濟發展發揮了應有的作用。
1995以來，年均監管進出口貨運量達500多萬噸，進出口總值約20億美元。2001，資費1686萬元，創歷史新高。同時，打擊走私的鬥爭也取得了豐碩的成果。1998以來，沈陽海關* * *查獲各類走私案件76起，違規案件271起。罰沒收入7522萬元，上繳稅款近2億元，有力打擊了走私分子的囂張氣焰。