菌種分為母種(壹級種)、原種(二級種)、栽培種(三級種)三個層次。第四條農業部主管全國的菌種工作。縣級以上地方人民政府農業(食用菌，下同)行政主管部門負責本行政區域內的菌種管理工作。第五條縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生產、更新、推廣工作，鼓勵選育、生產、經營相結合。第二章種質資源保護和品種選育第六條國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵占或者破壞。第七條禁止采集國家重點保護的天然食用菌種質資源。因科學研究等特殊情況確需采集的，應當依法辦理采集手續。第八條任何單位和個人向境外提供食用菌種質資源(包括用於菌種分離的有菌絲體和子實體的栽培基質)，應當報農業部批準。第九條從國外引進的菌種應當依法進行檢疫，並在引進後30日內將合適的菌種送中國農業微生物菌種保藏管理中心保藏。第十條國家鼓勵和支持單位和個人從事食用菌品種選育和開發，鼓勵科研單位與企業聯合選育新品種，引導企業投資選育新品種。
新品種可以依法申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。第十壹條食用菌品種選育(引進)者可以自願向國家農業技術推廣服務中心申請品種鑒定。國家農業技術推廣服務中心成立食用菌品種鑒定委員會，承擔品種鑒定的技術鑒定工作。第十二條食用菌品種名稱應當規範。具體命名規則由農業部另行制定。第三章菌種生產經營第十三條從事菌種生產經營的單位和個人，應當取得《食用菌生產經營許可證》。
僅從事栽培業務的單位和個人可以不申請食用菌生產經營許可證，但經營者必須具備菌種相關知識，具備相應的保藏設備和場所，並報縣級人民政府農業行政主管部門備案。第十四條母種原種食用菌生產經營許可證由縣級地方人民政府農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發，並報農業部備案。
食用菌菌種生產經營許可證由所在地縣級人民政府農業行政主管部門頒發，並報省級人民政府農業行政主管部門備案。第十五條申請母種和原種《食用菌菌種生產經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件:
(壹)母種生產經營註冊資本654.38+0萬元以上，原種生產經營註冊資本50萬元以上；
(2)經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的1以上檢驗人員和2名以上生產技術人員；
(三)有相應的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有相應的質量檢驗儀器和設施。母種的生產也要有必要的設備和場所做蘑菇實驗。
(四)生產場地的環境衛生等條件符合農業部《食用菌生產技術規程》的要求。第十六條申請食用菌菌種生產經營許可證的單位和個人應當具備下列條件:
(壹)註冊資本65438+萬元人民幣；
(二)經省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員65438人以上，生產技術人員65438人以上；
(三)必要的滅菌、接種、培養、貯存設備和場所，以及必要的質量檢測儀器和設施；
(四)栽培種生產場地的環境衛生等條件符合農業部《食用菌生產技術規程》的要求。第十七條申請《食用菌菌種生產經營許可證》，應當向縣級人民政府農業行政主管部門提交下列材料:
(壹)食用菌菌種生產經營許可證申請表；
(二)營業執照復印件；
(三)菌種檢驗人員和生產技術人員的資格證書；
(4)儀器設備設施清單、主要儀器設備的產權證明和照片；
(五)菌種生產經營場所的照片和產權證明；
(6)品種特性介紹；
(七)菌種生產經營的質量保證體系。
申請親本種子生產經營許可證的品種為授權品種的，還應當提供品種權人(品種選育者)的書面授權證明。