按照職能劃分，梅州市地方稅務局共有10個職能科(室):
1，辦公室
負責處理和協調局機關日常政務工作，負責檔案、信訪、保密、財務、監察等工作；起草和審核相關文件、報告、信息和其他綜合材料；組織本市局和地稅系統的局務會議、稅法宣傳、稅收調查研究、辦公自動化；在局內制定全面的規章制度。
2.監管科
負責地方稅收執法的監督檢查；負責對本局制定的稅收規範性文件進行合法性審查；辦理稅務行政訴訟和行政復議；指導本市地方稅務系統的法制工作；負責稅收政策研究和理論研究；指導本市稅務學術團體的日常工作。
3.稅務管理科
負責地方稅收(包括涉外地方稅收)的征收管理；解釋和處理地方稅執行中的有關政策和業務問題；制定地方稅收征收管理的具體實施辦法；負責檢查地方稅收政策的執行情況；負責地方稅收問題的調查研究。
4.收費管理組
負責教育費附加、社會保險費、文化建設費等費用的征收和管理；解釋和處理實施中的具體業務問題；制定地方稅務機關在征收管理中各種費用的具體實施辦法。
5.收藏管理科
負責指導、檢查和處理本市各級地方稅務機關執行稅收征收管理法律、法規和規章的有關事項；負責制定本市地稅系統地方稅收綜合征管法規和制度；加強和改進征管手段；負責稅務登記的綜合管理和協調工作；負責發票管理；負責組織和協調納稅評估工作；負責組織地方稅收征管質量檢查和考核。
6.規劃財務組
執行上級下達的地方稅收收入計劃；編制、分配和調整地方稅收年度計劃，並檢查、監督和分析計劃執行情況；匯總分析全市地稅會計統計信息和數據；監督檢查地方稅務會計和統計制度的執行情況；負責稅源監控；負責全市地稅系統稅收票證的使用、管理和檢查；指導和組織全市地稅系統稅收籌劃、統計和會計工作的開展；負責全市地稅系統的資金、財務、設備和固定資產的管理和檢查；監督系統財務制度的執行，審核和編報局機關和直屬單位的財務預決算；處理資金分配。
7.信息管理科
負責本市地稅系統信息化的規劃、管理和指導；負責本市地稅計算機信息系統的組織實施、運行管理和維護；負責本市地稅系統計算機信息的技術處理和維護；為本市地稅系統信息化提供技術支持和技術培訓。
8.人事教育組
負責管理權限內本級機關和直屬單位領導幹部的人事管理、外事管理和離退休人員管理；制定全市地稅系統幹部教育規劃，組織幹部教育和崗位培訓。
9、黨委辦公室(掛基層工作部門牌子)
負責機關及直屬單位黨務、工婦工作；指導全市地稅系統的基層建設、思想政治工作和精神文明建設。
10，監察室(與紀檢組合署辦公)
負責執法教育、黨紀和廉政教育；負責地方稅收執法監督，受理對地方稅務人員行政違法和地方稅收執法違法行為的舉報、投訴和申訴；負責本級機關和指導下級單位的紀檢監察工作；按照幹部管理權限承辦幹部離任審計；負責組織本級機關及下屬單位的內部審計工作。
11，納稅服務科
負責指導和協調全市地稅系統的納稅服務工作，辦理市區範圍內納稅人的納稅服務。
(二)直屬行政單位
1，梅州市梅江區地方稅務局(正廳級)
負責轄區內地方納稅人的稅務登記和應繳納地方稅費的征收管理及日常檢查。
2.梅州市梅縣區地方稅務局(正科級)
負責轄區內地方納稅人的稅務登記和應繳納地方稅費的征收管理及日常檢查。
3、焦化稅務局(鄭可)
負責蕉嶺華僑農場管理區域內地方納稅人的稅務登記和應繳納地方稅費的征收管理及日常檢查。
4.稽查局(副處級)
負責全市範圍內地方稅務稽查工作的業務指導和協調；負責查辦偷稅、漏稅、騙稅、抗稅案件和稅務專項檢查。