壹、科技宏觀管理的頂層機構權威性不夠。科技涉及到各行各業，顯然不是壹個部委機構能統壹管理的。部委管理機構職能設置重疊，科技部、發改委、財政部、工信部、教育部等多個政府部門參與管理，各部門的政策目標不壹致，政策難以相容協調，甚至部門規章與法律條款相左。負責科技資源投入的頂層設計和宏觀協調管理部門經常被其他部委所左右。
二、計劃經濟時代的科技管理和運行體制沒有根本性改變。其壹是用工業化管理的思路，在國家層面設置各種以跟蹤模仿為主的科技“計劃”、“工程”、“重大、重點項目”等，殊不知科技突破是難以規劃的。其二，中科院、國防科工委、農業部、工信部、衛計委等部委都有自己部門的科研體系，大量的科學事業費用於養人養機構，沒有真正用於科研投入。科技資源分布在多個部門、行業、單位，造成了國家科技經費的分散投資和重復投資。部門、行業和地區條塊分割、部門之內也是多頭管理、職能交叉、政出多門，科研人員被動適應各自上司的管理要求，自主研發無法保證。
三、企業不註重科技研發投入，技術研發投入以國家為主違背市場經濟規律。科研與經濟脫節，大學、研究機構和企業之間的聯系匱乏，知識生產者和潛在使用者之間“人為”隔離，彼此之間僅有有限的溝通和協同。研究、設計、培訓、生產脫節，軍民分割、部門分割、地區分割。研究機構和大學不了解產業的技術需求，產業也不知道研究機構和大學能提供什麽。只有在企業成為研發投入主體的時候，企業才能真正成為技術創新的主體。
四、科技評價改革難，科技評價沒有按照“知識價值”設計權重。沒有科技分類評價的制度設計，忽視了基礎科學、應用科學、人文社科等不同研究的特點。基礎研究經費投入占不到百分之十，但科技評價卻是百分百的基礎研究評價指標。科技評價只註重論文的量化指標，違背科研本質精神;重短期輕長遠，催生學術浮躁;重個人輕團隊，不利於科技攻關，科研個體戶現象十分突出，很難產生重大科技成果。
五、鼓勵科研人員參與科技成果轉化的政策不配套。現在的大學文化氛圍，沒有將科技成果轉化工作狀況真正作為科技工作的考核內容。科技成果的知識資產作為國有資產管理的政策體系沒有理順，科技主管部門的鼓勵政策很多，資產主管管理部門的政策不調整，大學和科研機構無法獨立處置資產和享有科技成果轉化收益。科研單位轉化科技成果的積極性不夠，我們鼓勵科技成果轉化的相關政策法規是參考美國拜杜法案(Bayh
Dole
Act)借鑒而來的，其核心是國家經費支持的科研項目所取得的科技成果產權歸研究單位所有，國家保留征用的權力。美國的大學和研究單位可以獨立處置資產，而我們的大學和科研機構為國家所有，難以獨立處置資產和享有科技成果轉化收益。