辦公室、政策法規辦公室、貨物和服務稅辦公室(進出口稅收管理辦公室)、所得稅辦公室、收入規劃和會計辦公室、納稅服務辦公室、科技開發征管辦公室、財務管理辦公室、內部審計督察辦公室、人事辦公室、稽查辦公室、大型企業和國際稅收管理辦公室。黨委辦公室(思想政治工作辦公室)、離退休幹部辦公室。海南省國家稅務局下屬20個事業單位， 分別是:海口市國家稅務局三亞市國家稅務局三沙市國家稅務局洋浦經濟開發區國家稅務局五指山市國家稅務局瓊海市國家稅務局儋州市國家稅務局文昌市國家稅務局萬寧市國家稅務局東方市國家稅務局定安縣國家稅務局屯昌縣國家稅務局澄邁縣國家稅務局臨高縣國家稅務局白沙黎族自治縣國家稅務局昌江黎族自治縣國家稅務局樂東 黎族自治縣國家稅務局陵水黎族自治縣國家稅務局保亭黎族苗族自治縣國家稅務局瓊中黎族苗族自治縣國家稅務局