(1)內部機構
1，辦公室
制定本局和本系統的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責綜合會議組織、督查、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅務宣傳和外事工作；制定辦公室規章制度；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助局領導綜合協調相關工作。
2.政策法規司
開展有關政策法規的調查研究和宣傳培訓；負責貫徹、建立和實施規範稅收執法的規章制度；負責稅務信息的調查；負責組織對稅收法律法規執行情況的監督檢查；承擔審理重大稅收案件的日常工作；負責稅務行政訴訟、聽證和賠償等涉稅法律事務；負責規範性文件的會簽、稅務檢查案件的審查以及審計、財政監管部門的外部監督。
3、流轉稅管理處
負責流轉稅業務及其執行情況的監督檢查；制定流轉稅征收管理的具體辦法；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣和應用。
4.所得稅管理辦公室
負責所得稅管理業務並監督檢查其執行情況；制定所得稅征收管理的具體辦法；負責城市商業銀行和城鄉信用社的財務制度管理。
5.國際稅務管理局
負責國際稅收協定的執行、反避稅、涉外稅務審計、信息交換、中外居民跨國所得稅收監管等國際稅收事務；負責現行涉外企業所得稅政策的管理，並監督檢查執行情況和日常管理。
6.進出口稅收管理辦公室
負責國家進出口稅收政策和管理措施的執行、日常監督檢查；負責出口貨物退(免)稅的審批和年終清算；負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護；配合相關部門組織實施反避稅檢查。
7.收藏管理處
組織實施稅收綜合征收管理的法律、法規、規章和措施；組織實施稅源管理和納稅服務；負責稅收征管質量評估；負責收集和管理文件、檔案的管理；負責增值稅防偽稅控系統以外的稅收征管軟件和稅控工具的推廣應用；負責個體工商戶和集貿市場的稅收征管；負責普通發票管理系統的建設；負責普通發票印刷企業的管理；負責企業自印發票的審批、審核和上報。
8.規劃和統計司
負責稅收計劃管理、稅收核算、統計和信息數據分析與匯總；承擔納稅人納稅申報信息的集中處理和統壹核算，組織核對稅款的收付和退還；負責稅源數據的調查計算、稅收分析和重點稅源監控；負責稅務憑證使用的監督檢查。
9.財務管理辦公室
負責本系統的資金、財務、基建、設備和資產的管理；組織內部審計和政府采購；負責機關的財務管理和下屬單位的財務管理和監督。
10，人事教育司
研究和實施人事管理制度；負責機構編制、編制、任免、考核、招聘、調配、交流、解聘、勞動工資、人事檔案管理、專業技術職務等人事管理工作；負責對下壹級領導班子和領導幹部的監督管理和後備人選的培養選拔；負責本系統的思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責本系統的目標管理考核。
離退休幹部管理處(副廳級，隸屬人事教育處)。負責離退休幹部的管理和服務工作，指導本系統離退休幹部的管理和服務工作。
11，監督辦公室
負責監督檢查本系統各級國稅機關及其工作人員貫徹執行黨和國家的路線方針政策及有關法律、法規和政策的情況；負責本系統黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監督和整改工作；負責管理本級幹部舉報來信來訪、違法違紀案件和系統內重大案件。
黨委辦公室:負責局機關、直屬機構、事業單位黨務、紀檢、工會、共青團、婦聯工作；負責市局精神文明建設、思想政治工作和計劃生育工作。
12、辦稅服務廳:負責各縣(市)、區車輛購置稅的征收工作。包括:車輛購置稅征收；收集車輛價格信息；申請減免稅車輛的審批；車輛註冊、轉移和變更手續；特種車輛資質認證和完稅車輛檔案日常管理。
(二)直屬事業單位
檢驗局
負責組織、指導、協調和監督本系統的稅務檢查工作；負責檢查和處理年度計劃中確定的重點行業和稅收違法行為；組織實施稅務檢查規章制度，制定具體實施辦法；負責稅務舉報案件的受理、移送和查處；審核下級稅務檢查；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；負責金稅工程發票的調查；負責領導組織稅收專項檢查。
稽查局共有5個機構，級別為正股級。分別是綜合選案科、案件審理科、案件執行科、稽查壹科、稽查二科。
(3)公共機構
1，信息中心
組織稅務管理、綜合管理等信息系統建設；實施信息系統管理制度和技術標準；建立、管理和維護計算機網絡和稅務信息的綜合數據庫；參與組織應用軟件開發和稅控儀器的推廣、應用及技術培訓；負責計算機設備的維修、維護和調配管理。
2.代理服務中心
制定局機關後勤服務和行政事務的規章制度和管理辦法，並組織實施；負責局機關後勤服務的組織和管理；負責局機關的綜合管理工作；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責本局的房產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局機關的設備管理。
3.票務中心
負責計劃、接收、開具和保管增值稅專用發票；負責普通發票的計劃、印制、發放和保管；負責普通發票防偽耗材計劃的編制和日常管理上報；根據征管部門的審批意見，負責組織印制企業自印發票；協助有關部門查處偽造、倒賣、私自印制發票等違法犯罪行為；協助有關部門監督檢查納稅人發票的使用情況；負責向上級報送稅票領用計劃，向同級計劃統計部門提供領、用、存季度報表；負責稅收票證的收集、發放、保管和註銷。