強化市場導向機制，讓市場驅動和引導技術創新。十八屆三中全會提出，讓市場在資源配置中起決定性作用。技術創新必須是動態的、有活力的、有效的，市場也必須在配置資源中起決定性作用，這樣市場才能驅動和引導創新。深化科技體制改革要解決的壹個核心問題，就是把科技創新與經濟發展緊密結合起來，強化企業在科技創新中的主體地位。要遵循市場經濟規律，發揮市場競爭機制的作用，形成市場對技術研發方向、路徑選擇、要素價格和創新要素配置的導向作用；強化企業在技術創新中的主體地位，發揮大企業創新骨幹作用，激發中小企業創新活力；推進應用技術R&D機構市場化和企業化改革，建立產學研協同創新機制，推進國家創新體系建設。
強化創新激勵機制，激發全社會創新活力。推動技術創新，歸根結底要通過調動創新主體的積極性來實現。通過建立科學有效的激勵機制，充分調動和激發企業、高校、科研院所、廣大科技工作者和企業壹線員工等全社會的創新積極性。政策、制度、稅收、金融、人才等方面的配套改革和整體聯動。，吸引民間資本加大對技術創新的投入，完善風險投資機制，形成充滿活力的鼓勵創新的制度安排，引導和動員各行各業的從業人員積極開展技術創新活動。改革調整專利補貼政策，引導專利創造由數量擴張型向質量效益型快速轉變，切實提高專利含金量。
強化轉化應用機制，加快科技成果資本化和產業化。提高科技成果轉化率是激發技術創新、實現經濟社會跨越式發展的根本要求。大力發展技術市場，培育和發展技術交易中介服務機構，完善技術轉移機制，建設技術創新公共服務平臺，引導企業聯合建立集群創新R&D中心，加強全社會各領域科學研究和技術創新的協同合作與應用，完善新技術新成果交易服務體系，不斷提高技術研發成果資本化、商品化和產業化水平。積極開展知識產權金融服務，完善新技術轉化應用風險投資機制，降低技術創新成本，分擔技術創新風險，充分發揮商業模式創新對促進科技成果轉化應用的催化作用。通過專利托管項目和導航項目，引進優質知識產權專業服務資源，為科技初創企業提供專利分析和布局服務，量身定制個性化知識產權服務，幫助科技初創企業提升知識產權運營能力，不斷提高科技創新的經濟效益和社會效益。
強化知識產權保護機制，加大侵權打擊力度。加強知識產權保護是保護創新創造者權益的有效手段。加強知識產權保護環境建設，完善與國際接軌的保護機制。優先審核重點專利授權，幫助企業提升專利申請處理水平，提高快速通過審核的概率，加快確權。十八屆三中全會決定提出，探索設立知識產權法院。積極爭取在北京設立知識產權法院，創新執法保護工作機制，嚴厲打擊侵權行為，完善知識產權保護中行政和司法保護“雙向互動”模式。搭建跨區域專利執法合作平臺，協同執法、嚴格執法，打擊商標權、著作權、專利保護等重點領域，進出口、會展、批發市場等關鍵環節，制假售假集中的重點領域的侵權行為，切實維權。以世界知識產權組織(WIPO)中國辦事處為契機，提升參與知識產權保護國際事務的綜合能力，引導和幫助科技初創企業建立產業知識產權聯盟，加強涉外知識產權事務的統籌協調，完善涉外知識產權保護機制，更好更有效地為企業提供知識產權保護服務。