“全國外商投資企業網上聯合年檢”系統流程：
1）參檢企業登錄“全國外商投資企業網上聯合年檢”網站(www.lhnj.gov.cn) ，憑企業的用戶代碼和用戶密碼進入系統，據實填寫“年檢報表”。對於需要填寫審計報告附表的企業，可由會計師事務代填、代審，審核通過上報後，才能將“年檢報表”提交“全國外商投資企業網上聯合年檢”網站的中心服務器。
2）審核部門通過“全國外商投資企業網上聯合年檢”系統，審核企業上報的年檢報表，並將企業年檢審查的有關情況提交“全國外商投資企業網上聯合年檢”系統的中心服務器。然後企業再次登錄“全國外商投資企業網上聯合年檢”系統查詢審核結果，如網上年檢審核結果為“打回修改”，則企業可以修改“年檢報告書”並再次提交。
3）各審核部門審核通過後，參檢企業將打印的年檢報表的書式文本加蓋公章後，與其它年檢材料壹同提交給指定審核部門辦理復核、加蓋年檢公章手續。