會計檔案的銷毀程序如下：
(1)單位檔案管理機構編制會計檔案銷毀清冊，列明擬銷毀會計檔案的名稱、卷號、冊數、起止年度、檔案編號、應保管期限、已保管期限和銷毀時間等內容。
(2)單位負責人、檔案管理機構負責人、會計管理機構負責人、檔案管理機構經辦人、會計管理機構經辦人在會計檔案銷毀清冊上簽署意見。
(3)監銷
①單位檔案管理機構負責組織會計檔案銷毀工作，並與會計管理機構***同派員監銷。
②監銷人在會計檔案銷毀前，應當按照會計檔案銷毀清冊所列內容進行清點核對;在會計檔案銷毀後，應當在會計檔案銷毀清冊上簽名或蓋章。
③電子會計檔案的銷毀還應當符合國家有關電子檔案的規定，並由單位檔案管理機構、會計管理機構和信息系統管理機構***同派員監銷。
會計檔案銷毀規定：
1、會計檔案保管期滿，需要銷毀時由本單位檔案機構會同會計機構***同提出銷毀意見，會同財務會計部門***同鑒定、嚴格審查，編造會計檔案銷毀清冊。
2、機關、團體、事業單位和非國有企業會計檔案要銷毀時，報本單位領導批準後銷毀國有企業經企業領導審查，報請上級主管單位批準後銷毀。
3、會計檔案保管期滿，但其中未了結的債權債務的原始憑證，應單獨抽出，另行立卷，由檔案部門保管到結清債權債務時為止；
建設單位在建設期間的會計檔案，不得銷毀。