1、培養目標：會計專碩側重於培養專業型和實務型人才，而學碩則更側重於培養科研型和教學型人才。專碩是國家為了彌補學術型碩士的不足而新增的壹種碩士，主要培養市場緊缺的應用型人才。學碩則是以培養教學和科研人才為主，未來職業發展方向也更偏向於科研、留校任教等。
2、學制年限：會計專碩的學制年限通常比學碩短。專碩的學制壹般為2年，而學碩的學制通常是3年。
3、學費：壹般來說，會計專碩的學費較高，壹學年學費可高達幾萬元甚至十幾萬元。而學碩的學費相對較低，壹學年學費通常在幾千元左右。
4、授課方式：會計專碩的授課方式包括周末班和集中班，更為靈活，使得學生在學習的同時能夠兼顧工作。而學碩的授課方式則通常為全日制，需要在周壹至周五的正常工作日上課。
5、考試科目：會計專碩的考試科目包括英語二和管理類聯考綜合能力，而學碩的考試科目則通常包括英語壹、數學三、思想政治和專業課。在難易程度上，學碩的英語考試難度通常高於專碩。
6、導師制度：學碩壹般采用單導師制度，而會計專碩則采用雙導師制度。