1968年菲領海基線修正令未包括黃巖島
1935年菲憲法、1947年美菲壹般關系條約、1952年菲美軍事同盟條約、1961年6月17日菲關於領海基線第3046號法令和1968年菲關於領海基線的修正令等都先後重申了三個條約的法律效力，再次明文確定了菲領土範圍，菲領海基點和基線均未包括黃巖島。1981年、1984年菲出版的地圖也都將黃巖島標繪在菲領土界限之外。而中國在1935年就將其列入了中國版圖。
1980年菲專屬經濟區包括黃巖島
50年代初，駐菲蘇比克灣的美國軍隊無視中國主權，擅自將黃巖島開辟成為靶場。1980年後，菲律賓政府將黃巖島劃在其200海裏專屬經濟區內，但由於當時黃巖島由駐菲美軍實際控制，菲律賓並未提出主權要求，直到1997年。
1997年起菲政府開始宣稱黃巖島主權
1997年，菲律賓海軍毀壞了中國主權標誌。4月30日，菲國兩位眾議員搭乘海軍艦艇登上黃巖島，在島上豎旗立碑，並對中方人員進行攔堵和恫嚇。1997年5月20日，壹艘菲律賓海軍巡邏艇在黃巖島外11千米處拘捕了壹艘準備航行到馬紹爾群島的中國漁船，拘留了21位中國漁民。
1999年菲將黃巖島列入新版地圖
1997年起，菲律賓不斷攻擊中國漁船。1999年5月23日，中國壹艘漁船在黃巖島遭菲軍艦追擊並被撞沈，導致11名漁民落水。據報道，菲海軍在追趕漁船時，曾使用機槍掃射。中國外交部發言人就此向菲提出嚴正抗議和交涉。1999年8月，菲政府把“南沙群島是菲律賓領土”列為修憲的內容，試圖以法律的形式進行領土擴張。
2009年菲正式將黃巖島劃入領土
2009年1月28日，菲律賓參議院三讀通過了2699號法案，即“制定菲律賓領海基線的法案”，該法案將中國所有的兩處島嶼劃為菲律賓所屬島嶼。2009年3月10日菲律賓總統阿羅約不顧中國的反對，正式簽署“領海基線法”，將中國的南沙部分島礁和黃巖島劃入菲領土。中國駐菲大使館11日對此表示強烈反對和嚴正抗議。