1949年8月25日，仙遊縣解放，舊行政區劃廢除。1949年9月初，鯉湖鄉、古邑鄉、潯陽鄉、榜頭鎮、城廂鎮、善化鎮、楓亭鎮、興安鄉、鳳頂鄉、仁德鄉、孝仁鄉、城南鄉、慈孝鄉、香南鄉、香北鄉、木蘭鄉、蘭溪鄉等相繼成立鄉鎮人民政府。同月，全縣整編為9個區，鄉鎮人民政府改稱區公所。第壹區（城關），第二區（賴店），第三區（楓亭），第四區（蓋尾），第五區（榜頭），第六區（大濟），第七區（度尾），第八區（社硎），第九區（香山）。***轄202個鄉（街）。
1950年2月，九區駐地遷麥斜，並增設第十區古邑（遊洋）。
1950年8月，增設第十壹區（龍華），第十二區（園莊）。全縣劃為12個區，262個鄉（街）。
1952年8月，增設第十三區（石馬），第十四區（石蒼），第十五區（西苑），全縣***設十五個區，轄740個鄉（街）。
1953年6月，第壹區公所(城關區)成立區人民政府。楓亭街改稱楓亭鎮，隸屬第三區公所。
1955年9月，撤銷第壹、第四、第十壹區，全縣編為1個鎮（城關鎮）12個區，轄236個鄉（街），以駐地名稱為區名。
1956年6月至1958年春，整編為城關、楓亭、郊尾、榜頭、度尾、社硎、麥斜等7個區和城關鎮，下轄89個鄉（街）。
1958年4月，撤區並鄉，全縣編為25個鄉（鎮），下轄91個小鄉（鎮）。
1958年9月起，撤銷鄉（鎮），成立人民公社，實行政社合壹，將小鄉改為生產大隊。全縣先後成立13個人民公社，轄240個生產大隊，並先後成立仙遊縣溪口林場、綜合農場、古洋農場、鐘山農場等為縣直國營農場。
1961年12月，將原13個人民公社，改編為18個人民公社管理委員會，轄318個生產大隊，4197個生產隊。
1964年6月，從城關人民公社劃出6個街，成立城關鎮，全縣編為18個人民公社，1個鎮，轄318個生產大隊（街），4801個生產隊（居民隊）。
1983年1月，城關鎮改為鯉城鎮，城關公社改為城東公社。
1984年11月，改公社為鄉（鎮）人民政府，改生產大隊為村（居）民委員會，改生產隊為村（居）民小組。1985年，全縣劃為5個鎮，14個鄉，轄318個村（居）民委員會，4822個村（居）民小組。
1991年5月，社硎鄉仙頭村分為仙頭、半嶺兩個村；賴店鄉潘硎村分為潘硎、林田兩個村。1992年底，楓亭鎮輝煌村分為輝煌、淪溪兩個村。
1992年11月，城東、大濟、龍華、賴店、蓋尾、遊洋、鐘山等7個鄉改為鎮。全縣***有12個鎮，轄17個居民委員會，233個村民委員會，3971個村（居）民小組；7個鄉，轄71個村民委員會，851個村民小組。
2000年，仙遊縣轄13個鎮、6個鄉：鯉城鎮、榜頭鎮、楓亭鎮、郊尾鎮、度尾鎮、城東鎮、大濟鎮、龍華鎮、賴店鎮、蓋尾鎮、鐘山鎮、遊洋鎮、園莊鎮、西苑鄉、鳳山鄉、石蒼鄉、社硎鄉、書峰鄉、象溪鄉。
2002年9月，福建省人民政府（閩政文[2002]270號）批復同意仙遊縣調整部分行政區劃： 撤銷鳳山鄉，並入西苑鄉，調整後西苑鄉轄西苑、嶺峰、廣橋、前洋、西土乾、半嶺、仙山、仙東、仙西、鳳頂、鳳山、前縣、前溪、柳園、白巖、頂東湖16個村委會，鄉人民政府駐西苑村。 撤銷鯉城鎮，設立鯉城街道。轄原鯉城鎮的木蘭、十字、洪橋、城內、南橋、仙糖6個居委會，以及原城東鎮的壩壟、龍泉、玉井、來洋、蜚山、東門、萬福、北寶峰、富洋9個村委會（其中壩壟、壟泉、東門、北寶峰4個村委會改為居委會）和大濟鎮的金井、白塔2個村委會，辦事處駐洪橋居委會（原鯉城鎮政府駐地）。 城東鎮人民政府駐地從東門村遷移到仙安村，更名為鯉南鎮，同時調整行政區域。調整後，鯉南鎮轄原鯉城鎮的柳坑居委會，原城東鎮的仙安、霞苑、下樓、涵井4個村委會，以及原龍華鎮的大阪、平原、象運、象林、象阪5個村委會和賴店鎮的西埔、溫泉、聖泉、玉田、玉塔、橫塘、東山7個村委會。 郊尾鎮的芹林、蓋南和新窯3個村委會劃歸蓋尾鎮管轄。 2002年底，仙遊縣轄1街道12鎮5鄉。
2003年，仙遊縣轄1個街道、12個鎮、5個鄉：鯉城大街道、鯉南鎮、榜頭鎮、楓亭鎮、郊尾鎮、度尾鎮、大濟鎮、龍華鎮、賴店鎮、蓋尾鎮、鐘山鎮、遊洋鎮、園莊鎮、西苑鄉、石蒼鄉、社硎鄉、書峰鄉、象溪鄉。
2008年12月31日，福建省政府《關於同意仙遊縣象溪鄉更名為菜溪鄉的批復》（閩政文[2008]448號）：經研究，同意仙遊縣象溪鄉更名為仙遊縣菜溪鄉。 仙遊縣野生動植物資源比較穩定。宋寶佑《仙溪誌》記有植物71種，動物23種；明弘治《興化府誌》記有植物301種，動物234種；清乾隆《仙遊縣誌》記有植物284種，動物82種。
仙遊縣現存的陸棲野生動物有兩棲類、爬行類、鳥類、哺乳類等脊椎和無脊動物***計1200多種，淡水魚類有65種，海洋魚類多數是沿海岸性次級經濟魚類。 脊椎動物 兩棲類：主要有黑眶蟾蜍、黑斑蛙、青蛙、豹蛙、沼蛙等2個目、30多種。 爬行類：主要有烏龜、平胸龜、眼斑水龜、海龜、玳瑁、鱉、壁虎、金環蛇、銀環蛇、蟒蛇（琴蛇）、中國水蛇、竹葉青蛇、五步蛇、烙鐵頭蛇、火赤練蛇等3目、70多種。 鳥類：主要有鷹、貓頭鷹、烏鴉、喜鵲、麻鵲、畫眉、雁、斑鳩、八哥、鷓鴣、雉雞、大山鵲、野雞、野鴨、啄木鳥、鴿、燕鴛鴦、白胸苦惡鳥（田雞）等22目、65科、計300多種。 哺乳類：主要有虎、豹、野豬、山羊、狼、獐、狐貍、貂、貉、鹿、山貓、靈貓、野兔、穿山甲、水獺、刺猬、松鼠、蝙蝠、野鼠、黃鼬等11目、31種。 無脊椎類 主要有軟體、節肢及擬軟體等無脊椎動物數百種。其中已鑒定的172種是：蟹、貝、藻等水生動物中，有軟體動物88種，節肢動物33種，擬軟體、環節動物13種。可供養殖且有經濟價值的有青蟹、鱘、牡蠣、縊蟶、花蛤、泥蚶、扇貝等38種。
現屬國家保護的珍貴野生動物有：屬國家二級保護的有穿山甲、獼猴、水獺、鴛鴦等；屬國家三級保護的有大靈貓、小靈貓、豹貓、青羊等。鳳山的角怪屬世界珍稀動物。 植被狀況 仙遊縣南部屬閩東南戴雲山東濕暖亞熱帶雨林小區，北部屬閩中東戴雲山--鷲峰常綠櫧類照葉林小區。由於仙遊縣地處南亞熱帶和中亞熱帶的交界處，境內地形復雜，北部為海拔500--1800米的中、低山區，南部大部在海拔500米以下的丘陵臺地，氣候、土壤、水流等自然條件明顯差異，因而植物區和植被類型具有過渡性的特點，原生植被殘存很少。而代之以次生闊葉林、針葉林和針闊混交林等。
據仙遊縣自然資源調查，仙遊縣主要植被有6個類型： 常綠闊葉林：由常綠闊葉樹組成的森林群落，主要分布在石蒼、遊洋、象溪、西苑、鳳山等鄉鎮的地勢較為蔭蔽，林地土壤較為良好的地帶，以天然更新混交次生林為主。植物種類以殼鬥科樹占優勢，混交喬木次之，還有常見的草木植物。 常綠針葉林：主要由裸子植物林木組成的森林群落。按喬木層的不同種，可分為杉木林、馬尾松林、油杉林、柳杉林、福建柏林、黃山松林等。杉木林主要分布在北部山區，馬尾松林分布最廣，面積最大。油杉林主要分布在楓亭、園莊、社硎、榜頭等鄉鎮。柳杉林主要分布在溪口林場及鳳山、遊洋等地。 針闊混交林：多為馬尾松與相思樹混交林，主要分布在楓亭、園莊、郊尾、蓋尾、榜頭等地，壹般呈小塊狀分布。 竹林：多為毛竹林，主要分布在北部山區的遊洋、石蒼、象溪、社硎、鳳山、西苑、度尾等地。中南部多為麻竹林、青皮竹林，生長在溪流兩岸及房前屋後。 灌木叢林：因森林長期過伐及火燒退化而成，主要分布在溪流兩旁險峻陡坡上，常見有矮化的青岡林、石櫟、石楠等灌木。 荒山草坡：在1000米海拔以上的山頂部，風大氣冷，土壤瘠薄，水濕條件差，只生長杜鵑花科、禾本科、沙草科等草木植物。還有低山丘陵的次生荒草坡，屬於森林毀壞後的過渡類型。 野生植物 宋寶佑《仙溪誌》記有植物71種；明弘治《興化府誌》記有植物301種；清乾隆《仙遊縣誌》記有植物284種。
全縣植物品種總計有171科，***2876種。其中，藻菌類11科，43屬，計劃性92種苔蘚類4科，5屬，計28種；蕨類15科，23屬，125種；裸子植物類7科，8屬，計81種；孢子植物134科，250屬，計2350種。列為國際性國家級保護的珍貴植物有26種。其中，屬國家壹級保護的有水杉；屬國家二級保護的有銀杏（分布社硎、菜溪等地）、水松（分布仙遊山、麥斜、五湖等地）、福建柏、胡桃、格木、杜仲、金錢松、楠木、鐵刀木、雲南石梓、紅豆杉、山臘梅、青梅、巴戟、荔枝、小勾兒茶、異形玉葉金花等17種；屬國家三級保護的有油杉（分布梧椿、潭邊等地）、天竺桂、木莢紅豆樹、黃杞、厚樸、鬧陽花、龍眼等8種。 溪流 仙遊縣溪流蜿蜒曲折、短小、湍急，落差大，易漲易退，屬山地性溪流。歷史上，境內通航小木船，從會仙（鯉城）至俞潭（今蓋尾仙潭），水程30公裏。水力資源蘊藏量為26萬千瓦，可供開發利用的有200多處，全部開發利用後，裝機容量可達17.43萬千瓦，年發電量可達6.52億千瓦時。絕大多數溪流發源於境內，合流或分流出境，分屬木蘭溪、大樟溪、楓慈溪、晉江東溪、滄溪等五條溪，其中，主要屬木蘭溪水系。 地表水資源 仙遊縣地表水資源總量約18.55億立方米，平均每平方公裏集雨面積產水量101.85萬立方米，人均水量2027.8立方米，畝均水量5260.9萬立方米，低於中國、福建省平均水平。
地表水資源在空間分布上的總體情況由北部山區向東南部遞減。每平方公裏集雨面積產水量，以北部鳳山、西苑、社硎、象溪、石蒼、遊洋、鐘山等最多，南部蓋尾、郊尾、楓亭、園莊等最少，中部大濟、城關、龍華、賴店、榜頭等略少。人均與畝均水資源，以鳳山、西苑最多，榜頭、郊尾最少。 水力資源 仙遊縣水力資源主要分布在木蘭溪、延壽溪、九溪、粗溪等溪流，流域面積在1000平方公裏的1條，100平方公裏以上的有5條，流域雨量充沛，溪床坡降較大，水流湍急，利於發電。據勘測，全縣水能理論蘊藏量為26萬千瓦，其中木蘭溪11.72萬千瓦，延壽溪1.08千瓦，九溪7.1萬千瓦，粗溪3.9萬千瓦，楓慈溪0.8萬千瓦。可供開發的水力發電站近200處，總裝機容量17.43萬千瓦，其中木蘭溪7.81萬千瓦，延壽溪0.65萬千瓦，九溪5.61萬千瓦，粗溪2.58萬千 瓦，楓慈溪0.1萬千瓦，其他溪流0.669萬千瓦。