辦公室 負責市工商聯機關的綜合協調，督促檢查，行政管理工作。
會員部 負責會員發展、會員組織、基層組織建設，法律服務工作。
經濟部 負責經濟交流工作、會員服務工作，光彩事業、對口支援工作。
聯絡部 負責外事管理、外經貿活動，港澳臺及其他海外聯絡工作。
調研部 負責參政議政、調查研究工作。
宣傳教育部 負責思想政治、宣傳報道、教育培訓工作。
組織人事部 負責機關人員編制、幹部管理、人事工資和直屬單位領導幹部管理工作，非公有制經濟代表人士政治安排的綜合評價和考察推薦工作。
機關黨委 負責機關思想政治教育、黨團組織建設和黨風廉政建設工作。