進入“深水區”後有哪些必啃的“硬骨頭”呢？
首先是政府機構改革。精簡機構和合並機構只是政府機構改革的表象。政府機構改革的實質是轉變政府職能，而轉變職能的關鍵是限制政府的權力，增加政府的公***服務。無疑，這帶有壹定的革命性，會損害部分人的既得權益。
其次是政治體制改革。政治體制改革的核心是強化民權，限制公權，最後實現公民與管理者之間的“平等權利交易”。也就是說，要大力提高和增加公民的各種權利，減少和限制管理者的壟斷特權。無疑這“壹增壹減”之間會產生很多新的矛盾和沖突。
再次是土地制度改革。土地制度改革的方向無疑是實現“耕者有其田”的理想，至少要給予農民土地永久使用權或“田面權”甚至部分所有權。但這會減少各級政府的土地權益，增加利用土地來調控經濟和進行基礎設施建設的難度。
第四是壟斷行業改革。壟斷行業改革的方向是取消和打破行業壟斷，促進不同行業的公平競爭。但這會損害壟斷行業管理部門、企業和個人的利益，會遇到他們強烈的抵抗。
最後是資源產權和價格改革。資源產權和價格改革的實質是調整各方面的權益關系，這必須會讓壹部分人的權益受損。
與“淺水灘”相比，改革的“深水區”具有如下幾個特征：
壹是改革的動力減弱。盡管這些改革從整體上會給全社會帶來巨大的收益，但存在如下問題：有些收益是長期性收益，眼前難以看到，因而減弱了動力；有些收益是整體性收益，對個體來說感受不明顯，也就是具有“正外部性”，也減弱了動力。
二是改革的阻力增加。這些改革的壹個***同特點是使壹些既得權益者絕對受損或相對受損，因而會遇到他們的激烈反對和阻礙。
三是改革的復雜性加大。這些改革大多涉及到經濟、政治和社會等多個領域，涉及到多個利益相互沖突的群體，改革的綜合性較強、復雜性較高，設計方案的難度較大，實施和推進改革的困難較大。
四是改革的不確定性增加。這些改革都具有信息不透明、信息不完全、信息不對稱等特點，不容易獲取改革的成本和收益信息，不容易對未來進行預測，因而具有很強的不確定性。
那麽，應如何應對“深水區”的挑戰呢？壹方面，我們要摸準問題，找準方向，堅定信心，迎難而上，排除萬難，勇往直前；另壹方面，我們要做好充分準備，精心設計，打有準備之仗。