1、外貿受阻：福建省依托港口和海關優勢，外貿出口壹直是省內經濟的支柱產業，疫情使得很多國家出現封鎖和隔離的情況，給福建省的外貿企業帶來很大的影響。
2、出現產業鏈中斷：福建省是臺資企業的密集地區，其中很多臺資企業將生產環節外包到中國大陸，建立較為完整的供應鏈與產業鏈，疫情導致很多企業員工無法返崗，原材料供應和交貨受到瓶頸，這對整個產業鏈造成巨大的困擾。
3、出現勞動力短缺：福建省經濟的快速發展需要大量的人才，尤其是來自外省的農民工。疫情導致福建省返崗率下降，形成壹定的勞動力短缺，給企業經營帶來很大的困難。
4、面臨旅遊業重創：福建省擁有眾多世界文化遺產、旅遊風景區和海島等旅遊資源，這壹產業在福建的貢獻率較大。由於疫情導致航班取消、旅遊景點關閉等影響，福建省旅遊業受到很大的沖擊，旅遊業從業人員和相關企業遭受不小的經濟損失。
新冠疫情對福建省的經濟產生很大的負面影響，在政府的引導下，福建省積極應對疫情挑戰，加快推進復工復產，出臺有力措施支持企業發展，把握外貿轉型機遇，繼續推進經濟結構調整升級，積極化危為機，促進經濟的穩定和持續發展。