根據上述職責，省糧食局設10個內設機構：
辦公室
負責文電、會務、機要、檔案、綜合性材料、宣傳、信息、督查、安全保密、信訪等機關政務、事務工作；負責局機關財務和國有資產管理。
人事處
負責機關及直屬單位的人事、勞動工資和機構編制管理等工作；指導糧食行業教育培訓工作。
法規處（行政審批辦公室）
貫徹國家糧食流通和儲備糧以及鹽務管理的法律、法規，研究提出有關的地方性法規、規章草案，擬訂相關政策並組織實施；承擔行政復議、行政應訴、政務公開、建議提案辦理工作。根據國家有關糧食管理工作的方針、政策和法律、法規，負責糧食管理方面有關行政審批事項的受理和審批工作；負責組織協調行政審批事項的勘查、論證、審核等相關工作；負責有關行政許可證的發放工作；負責行政審批專用章的使用管理；負責行政審批事項的行政復議和行政應訴；負責法律、法規、規章規定應由糧食部門承擔的其他行政審批事項。
監督檢查處
擬訂全省糧食流通監督檢查制度、辦法並組織實施；監督檢查省級儲備糧計劃、數量、質量和技術規範的執行情況；監督檢查國家糧食流通統計制度執行情況；組織指導政策性糧食購銷活動的監督檢查；承擔全省糧食庫存檢查工作；監管全省糧食流通市場。
調控處
研究提出全省糧食調控、總量平衡以及糧食流通的中長期規劃、進出口總量計劃和收儲、動用省級儲備糧的建議；會同有關部門研究提出省級儲備糧規模、總體布局和收購、銷售、進出口總量計劃；會同有關部門提出省級儲備糧輪換計劃並督促實施；承擔糧食監測預警和應急有關工作；組織協調最低收購價糧食等政策性糧食購銷和糧食產銷合作；擬訂糧食經營者最低和最高糧食庫存標準，並組織實施；承擔糧食流通統計匯審匯編工作。
財務處
指導監督糧食企業貫徹實施會計制度和財政、金融、稅收政策；規範糧食企業財務會計管理；匯總國有糧食企業財務報表，監測糧食行業經濟運行；協助有關部門管理糧食收購資金；指導監督直屬單位財務、審計工作，監管直屬單位國有資產；指導糧食企業內部審計。
倉儲處（基建項目管理辦公室）
組織實施糧食倉儲物流設施建設；承擔糧食、鹽業倉儲管理和安全儲存工作，檢查和指導糧食、鹽業安全生產工作；負責省級儲備糧的代儲資格認定工作；組織儲糧先進技術的研究和科技成果的推廣應用；指導農戶科學儲糧；負責糧食倉儲設施和基建投資統計。
科技產業處
指導和推動糧食產業化及糧食科技進步工作；指導各地整合資源；負責糧油加工業行業管理及相關統計；負責糧食企業技術交流與合作；承擔糧食行業科技管理、科技創新體系建設和新技術推廣工作。
市場流通處
擬訂全省糧食市場體系建設規劃並組織實施；指導糧食批發市場建設；推進農村糧油集貿市場建設；監測分析大中城市成品糧價運行情況；指導糧食經濟人隊伍建設。
老幹部處
負責機關離退休幹部管理服務工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
機關黨委。負責機關和直屬單位的黨群工作。