有863項目、973子項目、國家基金重大研究項目、“重大新藥創制”國家科技重大專項、國家重大科技合作項目、教育部重大科研項目等重大項目，取得了多項國際先進科研成果。近年來，高校教師陸續在《化學評論》(影響因子40.197)、《細胞》(影響因子31.957)、《癌細胞》(影響因子25.888)、《《自然醫學》》(影響因子22.462)、《分子細胞》(影響因子15.280)等國際頂級學術期刊發表多篇學術論文，揭示了癌癥、艾滋病、白血病等疾病的發病機制和潛在的治療藥物。該成果得到了《自然》雜誌旗下多個刊物的高度評價和關註，具有重大的科研價值和廣闊的應用前景。學院瞄準國家人口與健康需求，聚焦癌癥等多項重大疾病的前沿科學研究，產生了壹批具有鮮明自主創新特色的科研成果，壹系列原創性治療藥物、治療方法、診斷試劑、疫苗已轉化應用於臨床；原抗癌靶向藥K-80003已獲FDA批準進行臨床試驗，有望產生壹類具有自主知識產權的新藥。
學院與國內外科研機構、大型醫藥企業、地方政府聯系密切，開展多層次合作。學院與Sanford Burnham pre bys Medical Discovery Institute、新加坡分子與細胞生物學研究所、新加坡)、藥學院(辛辛那提大學)、加州大學伯克利分校(伯克利)、生物醫學學院(紐卡斯爾大學)、臺北醫科大學藥學院等海外機構在教學和科研方面開展了密切的合作與交流，派遣學生出國進行長期或短期的學習與交流，共同培養國際頂尖人才。
學院位於廈門大學翔安新校區。擁有15000平方米的藥學院大樓，配備國際水平的尖端儀器和高水平實驗室，綜合辦學條件優越，可滿足本科生、碩士生、博士生多層次的教學科研需求。學院立足海西，面向世界，努力成為中國重要的自主創新藥物研發中心和專業人才培養基地，海峽西岸經濟區生物醫藥產業創新和產業化的驅動力量。