1.登錄國家醫藥產品管理局網站，進入《藥品經營許可證》網上申請系統頁面。
2.註冊賬號並登錄，填寫企業基本信息和聯系方式。
3.選擇藥品經營類型，包括批發、零售、進口和生產，並填寫相關信息。
4.上傳營業執照、稅務登記證、組織機構代碼證、法定代表人身份證等相關證件和資料。
5.填寫藥品經營場所信息，包括經營場所名稱、地址、面積等。
6.填寫藥商信息，包括藥師和藥品業務員。
7.填寫藥品倉庫信息，包括倉庫的名稱、地址和面積。
8.填寫藥品品種信息，包括藥品名稱、規格、批準文號等。
9.提交申請並等待批準。批準後，《藥品經營許可證》將通過郵寄或快遞方式送達企業。
需要註意的是，藥品經營許可證的申請流程可能因地區、類型不同而略有差異，企業在申請前應仔細閱讀相關規定和要求。同時，藥品經營企業在經營過程中也需要遵守相關法律法規和規定，確保藥品合法合規經營。
法律依據:
《藥品經營許可證管理辦法》第五條應當符合當地常住人口數量、地域、交通條件和實際需要，方便群眾購買藥品的原則，並符合以下要求:
(壹)有保證所經營藥品質量的規章制度；
(二)依法具有合格的藥學技術人員；
經營處方藥和甲類非處方藥的藥品零售企業，必須依法配備執業藥師或者其他合格的藥學技術人員。質量負責人應具有壹年以上(含壹年)藥品經營質量管理經驗。
經營乙類非處方藥的藥品零售企業，鄉鎮以下農村地區設立的藥品零售企業，應當按照《藥品管理法實施條例》第15條規定配備業務人員，有條件的應當配備執業藥師。在企業營業時間內，上述人員應當值班。
(三)企業及其法定代表人、企業負責人、質量負責人不存在《藥品管理法》第七十五條、第八十二條規定的情形；
(四)具有與所經營藥品相適應的營業場所、設備、倉儲設施和衛生環境。超市等商業企業零售藥店的設立必須有獨立的區域；
(五)具備滿足當地消費者用藥需求的能力，並能保證24小時供應。藥品零售企業應具備的國家基本藥物數量由各省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門結合當地具體情況確定。
國家對經營麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品和預防用生物制品另有規定的，從其規定。