上海市青浦區中心醫院始創於1948年，前身為中國紅十字會青浦分會醫院。經過半個多世紀的艱苦創業，如今已成為青浦集醫療、教學、科研、預防於壹體的綜合性醫院。
1994年通過了中華人民***和國衛生部二級甲等醫院評審。1995年被世界衛生組織（WHO）認定為愛嬰醫院,1998年起連續五屆被評為上海市文明單位,1999年被評為上海市十佳愛心助老特色基地，2003年被指定為青浦區臺胞臺商定點醫院。醫院曾先後榮獲青浦區五好黨支部、六好黨委、青浦區思想政治工作先進單位稱號。
2002年1月5日，青浦區衛生局與復旦大學附屬中山醫院***同組建復旦大學附屬中山醫院青浦分院、上海市青浦區中心醫院。