三明市地方稅務局成立於1994年8月，目前局機關內設10個職能科室，下轄2個直屬單位和12個縣（市、區）局。
三明市地方稅務局內設科室 科室名稱 工作職責 辦公室 綜合協調局機關和直屬、派出單位工作，督促重大事項落實；起草全市地稅系統年度工作計劃及長遠發展規劃、有關工作制度；組織起草和審核本局重要文稿；負責局機關文電、機要、檔案、信訪、保密、密碼等工作；組織實施稅收宣傳；組織辦理人大建議、政協提案；承擔局機關政務公開、政府信息公開和政務信息編發工作；負責局機關財務、國有資產管理和其他行政事務；承擔局機關政府采購的具體工作。 政策法規科 起草並組織實施全市地稅系統依法行政、依法治稅工作方案；負責稅收法律、法規、規章及規範性文件執行情況的監督檢查和稅收執法責任過錯追究，組織協調涉及多稅種、綜合性稅收政策的落實等有關工作；承擔稅收規範性文件的合法性審核、備案審查和清理工作；牽頭重大稅務案件審理及規範稅務行政審批工作，辦理行政復議、賠償案件及行政訴訟案件；組織反補貼案件的應對工作；承擔稅收業務的協調和法律事務，指導和檢查全市地稅系統稅收法制建設工作；組織開展綜合性稅收政策調研和科研等工作。 稅政壹科 負責除企業所得稅和個人所得稅以外的其他由地稅部門征管的稅種、隨“三稅”（增值稅、消費稅、營業稅）征收的稅（費）種以及文化事業建設費的征收管理工作，起草征收管理具體實施辦法；對所管稅（費）種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施所管稅（費）種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、清算等工作；負責所管稅（費）種的減免稅管理；參與所管稅（費）種的納稅輔導、咨詢服務、法律救濟等工作；承擔稅收調查工作。 稅政二科 負責企業所得稅、個人所得稅的征收管理工作，起草征收管理具體實施辦法；對所管稅種的具體業務問題進行解釋和處理；組織實施所管稅種的納稅評估、稅源管理、稅基管理、匯算清繳等辦法；負責有關減免稅、稅前扣除的管理；參與所管稅種的納稅輔導、咨詢服務、法律救濟等工作；負責非居民稅收管理，負責國際（地區）稅收協定（安排）的執行，處理國家（地區）間的有關稅務事項；負責反避稅工作，牽頭組織反避稅調查和特別納稅調整。 規費科 負責社會保險費征收法規、政策的貫徹實施；研究制定社會保險費征收管理的具體辦法、措施；配合做好社會保險費收入統計分析、社會保險費法規政策的宣傳工作；負責省級政府授權（委托）的除隨“三稅”征收的費種之外的其他費、金（含工會經費，不包括文化事業建設費）的征（代）收管理和政策服務；負責所管費（金）征（代）收管理軟件的應用和數據維護。 征收管理科 組織實施綜合性稅收征管法律、法規、規章和政策規定，起草具體管理辦法；研究提出完善專業化征收管理和稅收征管規程的建議；組織實施稅收征管數據管理和應用辦法、綜合性納稅評估辦法；承擔征管質量考核和風險管理工作；組織稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅控器具推廣應用等工作；組織實施稅收管理員制度。負責大企業稅收管理和專門化服務，組織、指導、協調大企業稅源監控分析,稅務風險管理和日常檢查。 納稅服務科 組織、協調和指導全市地稅系統各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施納稅人權益保障規章制度及規範性文件；組織實施納稅輔導、咨詢服務和協調稅收法律救濟等工作；受理納稅人投訴；組織實施稅收信用體系建設；指導稅收爭議的調解；負責12366納稅服務熱線管理和維護；承辦納稅人、扣繳義務人稅務登記事項；承辦納稅申報、認證、稅款征收等事項；承辦發票發售、代開、審驗、繳銷等發票管理事項；承辦稅務違法簡易處罰；依法公開涉稅事項，宣傳稅收政策；受理涉稅審批申請，辦理備案事項和其他相關事項。 計劃財務科 負責制定和落實全市地稅系統稅收計劃、稅收分析、稅收會計統計、重點稅源監控、經費管理、資產管理、政府采購和內部審計等相關工作制度和管理辦法；編制、分配和下達年度稅收計劃，檢查稅收收入計劃執行情況，考核評價稅收收入質量；組織開展稅收收入分析預測、經濟稅源調查研究、稅收收入能力估算及重點稅源監控工作；監督稅款征收、解繳、入庫、提退的執行；負責與國庫對帳，定期編報稅收收入報表，承擔稅收收入數據的綜合管理應用工作；負責全市地稅系統經費管理，指導和監督系統各級地稅機關財務管理；審核匯編年度部門預算、決算，組織實施會計核算、會計基礎規範工作；組織實施國庫集中支付工作；加強內部審計，組織實施財務管理、基本建設項目、大宗物品采購和權限內領導幹部經濟責任的審計工作，督查落實各類審計結論；組織實施全市地稅系統資產的管理等工作。負責全市地稅系統基本建設、基建工程質量檢查以及車輛、服裝等裝備的管理；承擔稅收票證（不含普通發票）的保管、領發、繳銷、銷毀。 人事教育科 組織實施全市地稅系統人事制度及人才隊伍建設規劃；負責全市地稅系統機構編制、人事管理等工作；按照幹部管理權限，承擔全市地稅系統領導班子和領導幹部以及後備幹部的管理、考核及監督等工作；按照幹部管理權限提出領導幹部的經濟責任審計和離崗（任）經濟責任審計建議；承擔局機關離退休幹部的服務和管理工作，指導全市地稅系統離退休幹部工作；組織實施全市地稅系統教育培訓工作，開展培訓質量考核與評估。 信息技術科 組織落實稅收管理信息化建設規劃、方案、制度；組織實施全市地稅系統信息技術體系建設；承擔信息化建設項目立項、技術需求、資金使用、項目驗收等方面的工作；負責計算機管理制度的建立、人員培訓工作；負責信息化管理的運行維護工作；負責計算機信息系統安全管理；負責計算機設備購置（配發）、網絡建設及功能配置管理、計算機軟件推廣應用工作。 監察室 與黨組紀檢組合署辦公，按照《黨章》和有關法律法規開展工作。組織落實紀律檢查、行政監察工作制度，擬訂具體實施辦法；監督檢查本局工作人員貫徹執行黨的路線方針政策和遵守國家法律法規、部門規章情況；監督檢查本局領導班子和領導幹部維護黨的政治紀律、貫徹執行民主集中制、選拔任用幹部、貫徹黨風廉政責任制和廉政勤政的情況；組織協調本局黨風廉政建設和反腐敗工作；組織開展各級主要負責人監督管理工作；受理對工作人員違法違紀行為的檢舉、控告及有關申訴；查處工作人員違法違紀案件及其他重要案件；開展執法監察、糾風和效能監察工作。 機關黨委 按照《黨章》及有關規定設置，負責局機關及所屬單位黨群工作，組織本局思想政治、精神文明建設、稅務文化建設等工作。