人類白細胞抗原是人類的主要組織相容性復合體，位於6號染色體上，包括壹系列緊密連鎖的基因座，與人類的免疫系統功能密切相關。其中部分基因編碼細胞表面抗原，成為每個人的細胞不可混淆的“特征”，是免疫系統區分本身和異體物質的基礎。
人類白細胞抗原是壹種糖蛋白，其分子結構與免疫球蛋白極相似，分子由4條肽鏈組成（含2條輕鏈和2條重鏈），重鏈上連接2條糖鏈。人類白細胞抗原分子部分鑲嵌在細胞膜的雙脂層中，其插入膜的部分相當於免疫球蛋白lgG的Fc區段，輕鏈為β-微球蛋白。由於分子結構上的相似，故人類白細胞抗原與有保衛功能的免疫防禦系統密切相關。