主要區別有：法律法規依據的區別、通過的方式的區別、公告內容的區別、處分的方式的區別。
壹、法律法規依據的不同
企業年檢以《企業年檢辦法》為依據，
年度報告以《企業信息公開暫行規定》為依據。
二、通過的方式的不同
年檢是企業向工商部門提交年檢報告及相關資料，由工商部門審查企業是否存在問題 ;
年報是企業向工商部門提交年檢報告並予以公布。向社會公布企業對年度報告的及時性和真實性負責。
三、公告內容的不同
年度檢驗只公布“通過”和“不通過”的標誌，
年度報告公布企業填寫的所有內容(經營者選擇未公布的內容除外)。
四、處分的方式的不同
不參加年檢的，依法給予行政處分，直至吊銷營業執照。
年報逾期不報告的，依法列入異常經營情況表。
擴展資料：
工商部門在企業申報網上年檢後5個工作日內對其申報內容進行預審。工商部門認為企業申報內容不完整或者有錯誤的，網上告知預審結果，並退回企業修改；認為企業申報內容完整且符合年檢規定的，網上告知其預審結果；
認為企業涉嫌違反工商行政管理法律、法規或者規章的，網上告知預審結果，並要求企業在規定時間內到指定工商年檢窗口辦理年檢相關事宜；
企業攜帶經預審的年檢報告書和相關年檢材料到指定地點辦理年檢復核。工商部門依法對其申報材料進行審查。年檢復核完成後，工商部門在企業營業執照正、副本（原件）上加蓋年檢戳記。
百度百科-工商年檢
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