(1)辦公室(省非公經濟促進辦公室)。
綜合協調機關日常工作；負責辦公室文電、會議、信息、宣傳、督查、檔案、機要、信訪、提案、保密、保衛、財務、行政、後勤等工作。提出促進非公有制經濟發展的政策措施和改革方案，提出全省非公有制經濟發展的規劃和長遠目標，並指導和監督實施。協調工商、金融等部門支持非公有制經濟誠信守法經營。
(2)人事部門(黨委)。
負責機關及直屬單位的人事和機構編制工作；承擔本系統出國人員的政審工作；配合有關部門做好全省中小企業的黨建、工會和精神文明建設工作；負責機關及直屬單位黨群工作。
(3)政策法規司。
起草中小企業地方性法規草案；承擔規範性文件的合法性審核；監督檢查有關法律法規的執行情況；研究提出支持中小企業改革和發展的綜合性政策建議；承辦行政復議、行政訴訟、行政賠償等法律事務；指導各類中小企業改革，引導其建立現代企業制度；推動中小企業產權及相關要素市場的建立和發展，引導中小企業股份制改革和上市；指導中小企業服務體系建設；指導本系統各協會、學會、學會的工作。
(4)發展規劃辦公室。
研究提出中小企業發展戰略、中長期規劃和年度目標；負責本系統基建項目的管理；指導中小企業的外事、外經、外貿工作；組織中小企業開展國際經濟合作與交流，參與中小企業國際市場開發基金項目申報。
(5)管理指導辦公室。
貫徹國家和省產業政策，研究提出中小企業產業發展方向、重點和相關政策，指導中小企業產業結構和布局結構調整，指導全省中小企業發展園區建設；指導地區和企業間的合作，協助有關部門招商引資；組織產品展覽等活動；負責中小企業的分類和認證；指導中小企業誠信建設；配合有關部門做好環保、節能、安全生產和中小企業就業工作。
(6)經濟監測辦公室。
監測、分析和預測全省中小企業運行狀況，組織對中小企業經濟運行中的重大問題進行調查研究，提出對策和建議；會同有關部門研究制定中小企業統計制度並組織實施；負責中小企業統計數據和報表的匯總和分析；負責中小企業經濟信息的收集、整理、分析和發布；研究提出中小企業創業輔導服務體系建設的政策措施，建立健全創業輔導體系，配合有關部門做好再就業工作；根據城鎮化進程，提出縣域經濟發展的具體政策措施，引導縣域經濟走新型工業化道路，促進特色經濟和民營經濟發展；承擔縣域經濟發展的監測和統計工作。
(7)科教質量部。
指導全省中小企業的人才開發、引進、教育培訓、職稱評定、技術進步和產品開發；建立和完善中小企業技術創新支撐體系，指導中小企業創新基地建設，參與中小企業新技術新產品鑒定，推廣重大科技成果應用；組織國際國內技術交流與合作，促進中小企業產學研聯合工作；參與對民營科技企業的指導和管理，負責民營科技企業申報和科技型中小企業創新基金項目申報；配合中小企業質量管理。
(8)融資財務部。
研究提出改善中小企業融資環境的政策措施，協調解決與中小企業融資有關的重大問題；引導中小企業直接融資，引導和推動民間資金和風險投資機構投資中小企業；負責推進中小企業信用體系建設，會同有關部門建立和完善信用征集和評價體系；指導中小企業信用擔保體系建設，引導和規範信用擔保行業發展，制定和實施中小企業信用擔保扶持計劃；協調落實中小企業獲得政府采購份額的相關工作；負責局直屬單位的財務管理。
離退休人員辦公室負責機關離退休人員的管理和服務工作，指導直屬單位離退休人員的管理和服務工作。
紀檢監察機構按金辦發〔2005〕17號文件執行(3名行政人員已移交省紀委統壹管理)。