有機茶的認證流程壹般要經過申請、檢驗、認證三個階段，有些情況下還要經過預檢驗。
1.在選定茶園基地後，預檢驗申請人應進行自行抽樣預檢驗。樣品采集要求多點采樣，其中土壤樣品要求在0 ~ 40 cm土層的上、中、下三點采集；茶葉樣品主要檢測衛生指標，如銅、鉛、十種農藥殘留等。土壤樣品主要檢測6種重金屬元素。
2.申請①申請人向認證機構提出申請。認證機構根據申請表反映的情況決定是否受理。同意受理的，書面通知申請人，並向申請人寄送全套調查問卷及相關材料。③申請人將把填好的問卷交回認證機構。認證機構將對回收的問卷進行審核，如果沒有明顯違反有機茶標準的情況，將與申請人簽訂審核協議。壹旦協議生效並確認相關費用已支付，認證機構將派出檢查員對申請人的茶園、茶葉加工廠和貿易進行實地檢查，並采集樣品。(4)申請人應提供相關證明材料，包括茶樹生長和產量、投入量和日期、使用方法、病蟲害管理、修剪和采摘記錄等。加工銷售記錄、產品批號、出入庫記錄、運輸記錄等。；土壤、鮮葉、商品茶等分析記錄。
3.檢查①認證檢查認證機構受理申請後，應當進行現場檢查。應在現場收集土壤樣本和茶葉樣本進行測試。檢驗必須在生產季節進行。茶園檢查面積不得少於申請認證面積的1/3。②暗訪檢查為了防止有機茶種植加工中的違規行為，確保產品符合有機茶質量標準的要求，保護消費者的利益，有時會進行暗訪檢查，俗稱“飛行檢查”。
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