在未確認生命體第4號消滅未確認生命體兩年後，雖然未確認生命體的威脅已經消失，和平的日子卻無法長久地維持下去。世界各地，再度出現人類離奇死亡案件，這次殘殺人們的兇手，似乎是擁有人類所無法匹敵的神秘種族。警方稱之為— —Unknown（未知生命體）。
與之前的未確認生命體視屠殺人類為遊戲的行徑不同，Unknown都有選擇地對超能力者下手，由於無法確認超能力者，壹頭霧水的警方完全不知道該如何應付。
主角津上翔壹是壹個失憶的開朗少年，被美杉教授帶回家，與美杉教授的兒子正太、侄女真魚壹起生活。但隱藏在翔壹天真笑容背後的，其實是神秘的變身英雄— —AgitΩ。每當Unknown現身殘殺人類，他便會自動感應並變身成為謎之戰士。
然後隨著黑神的進化，Unknown殺人的頻率越來越密集，AgitΩ好像感應到自己的壹步步進化。就像播下的種子般，總有壹天會發芽。
由人類所化身成的AgitΩ們如雨後春筍般出現了。
心急於抹殺這些AgitΩ的黑神壹面為傷害自己的孩子而痛苦著，壹面更積極地進行殺害特定人類的計劃。不甘心生存的希望與未來就這樣被剝奪的翔壹變身為更強悍的形態。
沒想要遭到AgitΩ們抵抗的黑衣青年終於被惹惱，決定消滅掉已經不再在乎他的孩子--人類，要將世界重造。
要相信人類到什麽程度呢？人類，到底有多少可能性呢？