其次，藥品零售企業明確藥品質量檔案中應收集哪些相關信息非常重要，這也是壹些藥品零售企業質量管理人員比較模糊的地方。這裏可以簡單理解為:所謂藥品，就是檢查藥品是否有準字號(註意是沒有經過批準文號管理的中藥材、中藥飲片)，所謂質量，就是收集進口藥品的包裝、標簽、說明書、檢驗報告(進口藥品的檢驗報告)、註冊證，供應商(藥品生產企業)的資質證明也要收集。所謂檔案，就是把收集的各種資料按順序裝訂成冊，這就需要優雅等等。
藥品包裝應收集最小包裝(可使用復印件)，相對較短；如果采購時不向供應商索要藥品標簽，藥品零售企業將很難收集到藥品標簽；當難以保存說明書時，也可以使用復印件；檢驗報告(進口藥品檢驗報告)、進口藥品註冊證、供應商(藥品生產企業)資質證明等。不僅應在簽訂供貨合同時作為合同的必備條款，還應在采購商品時從供應商處獲取，否則，更難以收取。
最後填寫“藥品質量檔案表”，並給予認真分析評價，確定是否列為合格經營品種。確定為合格經營品種的，制作藥品質量檔案目錄，將收集的相關資料按照藥品質量檔案目錄的順序號編輯裝訂成冊。