藥學院在上級部門的大力支持下，經過“十五”211工程，“985工程”壹、二、三期和“211工程”三期的建設，總投入學科建設經費達8600萬元，學科建設取得了喜人成果，已獲批廣東省藥學壹級重點學科，為建設國家藥學壹級重點學科奠定了良好的基礎。
2006年1月，獲批成為當時華南地區高校中唯壹的藥學壹級學科博士學位授予權學院，博士點覆蓋了藥理學、藥物化學、生藥學、藥物分析學、藥劑學、微生物與生化藥學等6個二級學科。2007年9月，我院獲人事部批準設立藥學（壹級學科）博士後科研流動站。2012年獲批為廣東省藥學壹級重點學科。
在學科布局方面，形成了以藥理學國家重點學科和藥物化學重點發展學科為依托，藥劑學和其它藥學二級學科全面發展，基礎研究與創新藥物研究開發同步發展的局面，已獲批省藥學壹級重點學科，爭取建設成為國家藥學壹級重點學科。
專業設置
本科專業：藥學
碩士點：有機化學、藥物化學、藥劑學、生藥學與天然藥物化學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學、藥學碩士
博士點：有機化學、藥物化學、藥劑學、生藥學與天然藥物化學、藥物分析學、微生物與生化藥學、藥理學
博士後流動站：藥學（壹級學科）博士後科研流動站
學院現有實驗室面積1.2萬平方米，購置大型儀器設備165臺/套，總價值逾億元。目前學院擁有2個國家“重大新藥創制”單元平臺（臨床前藥效學和藥代動力學平臺），2個二期985建設平臺，1個三期985建設平臺。擁有“廣東省新藥設計與評價重點實驗室”、“廣東省成藥性評估及評價工程實驗室”、“廣東省創新藥物制劑工程技術研究開發中心”、“廣東省現代中藥工程技術研究開發中心”、“廣東省高校手性合成技術工程中心”、“廣東省高校創新藥物制劑工程技術中心”及“廣東省藥學實驗教學示範中心”等8個省部廳級重點實驗室及工程研究中心。擁有中山大學精細化工與藥物合成工業研究院、臨床藥理研究所、藥物化學研究所、藥物制劑工程研究開發中心、藥物分子設計開發研究中心、藥物安全性評價中心、中澳中醫藥研究中心、新藥研究中心、藥學中心實驗室、二級生物安全實驗室、同位素實驗室；建有藥物化學與藥物分子設計、生藥學與天然藥化、藥物分析與質量評價、藥理與毒理學、藥物代謝與藥動學、藥劑學與制藥工程、微生物與生化制藥、結構生物學等11個專業研究實驗室；以及與企業***建的聯合實驗室2個。