《核查辦法》規定，海關自保稅加工企業向海關申請辦理保稅加工業務備案手續之日起至海關對保稅加工手冊核銷結案之日止，或者自實施聯網監管的保稅加工企業電子底賬核銷周期起始之日起至其電子底賬核銷周期核銷結束之日止，可以對保稅加工貨物以及相關的保稅加工企業開展核查。
《核查辦法》規定，海關對保稅加工企業開展核查的，應當核查以下內容：
（壹）保稅加工企業的廠房、倉庫和主要生產設備以及法定代表人、主要負責人等企業基本情況與備案資料是否相符；
（二）保稅加工企業賬冊設置是否規範、齊全；
（三）保稅加工企業出現分立、合並或者破產等情形的，是否依照規定辦理海關手續；
（四）保稅加工企業開展深加工結轉、外發加工業務的，是否符合海關對深加工結轉或者外發加工條件和生產能力的有關規定。
海關對保稅加工貨物開展核查的，應當核查以下內容是否與實際情況相符：
（壹）保稅加工企業申報的進口料件和出口成品的商品名稱、商品編碼、規格型號、價格、原產地、數量等情況；
（二）保稅加工企業申報的單耗情況；
（三）保稅加工企業申報的內銷保稅貨物的商品名稱、商品編碼、規格型號、價格、數量等情況；
（四）保稅加工企業申報的深加工結轉以及外發加工貨物的商品名稱、商品編碼、規格型號、數量等情況；
（五）保稅加工企業申請放棄的保稅貨物的商品名稱、商品編碼、規格型號、數量等情況；
（六）保稅加工企業申報的受災保稅貨物的商品名稱、商品編碼、規格型號、數量、破損程度以及價值認定等情況；
（七）保稅加工企業的不作價設備的名稱、數量等情況。