生信入門的第壹步就是要學會安裝軟件,但有些軟件的安裝和編譯比較麻煩,這個時候就會懷念windows系統的方便。
根據生信技能樹和菜鳥團裏的介紹,linux系統也有這種自動式的安裝軟件的方式,因此,開始體驗使用conda來安裝軟件。
安裝簡單,只需要在服務器上運行即可
此時會在home目錄下生成miniconda3的文件夾,並更新下環境變量。
註:如果安裝後不想在終端前顯示(base)
conda install fastqc(軟件名)
which fastqc 查看軟件安裝位置
conda list 可以查看已安裝軟件列表,conda默認安裝軟件的最新版本,如果想安裝指定版本的某個軟件,可以先用“conda search 軟件名”搜索軟件版本。
星號標記的表示是已經安裝的版本。要 安裝其他版本 ,輸入:
conda install 軟件名=版本號
這時conda會先卸載已安裝版本,然後重新安裝指定版本。
如果想要安裝列表中的軟件,可進入該軟件的conda主頁,比如cutadapt[ /1906.html] ;
/thread-838-1-1.html 。