特殊情況：適用排汙系數、物料衡算法的納稅人——申報時應備案適用的排汙系數和物料衡算方法，鑒於這類納稅人在排汙費時代也以排汙系數為核定排汙費的主要依據，在納稅申報時依然根據自己過去適用的技術標準或規則填報即可； 排放固體廢物的納稅人——盡管《環境保護稅法實施條例》沒有做進壹步明確，但程序規則與實體規則相呼應，由於固體廢物環境保護稅的計稅依據，即固體廢物排放量=當期固體廢物產生量-綜合利用量-貯存量-處置量，排放固體廢物的納稅人還需申報產生量、綜合利用量、貯存量和處置量。因此，對有外包固體廢物處置的企業來說，妥善保存並提供相應的環境影響評價文件、轉移聯單、利用處置委托合同、受委托方資質證明、管理臺賬以證明發生的綜合利用、貯存或處置真實且符合汙染控制標準。
《環境保護稅法》第10條規定了確定汙染物排放量的4種方法和順序，依次是：第壹種方法主要適用於依《環境保護法》必須安裝重點監控設備的重點排汙企業，其納稅申報數據只需抄報自動監控設備的數據即可。但“自動”也給納稅人帶來了新的納稅申報法律風險，如監測設備沒有按期進行強制檢定、企業和環保部門抄取數據的時段或時點不壹致等情況，都有可能導致納稅人申報的數據與環保部門向稅務部門交換的數據不壹致。第二種方法下，如果納稅人申報監測機構出具數據，應留意保管能夠證明監測機構資質、監測規範符合國家規定等確保監測數據有效性的證據，以備未來可能的稅務檢查。鑒於《環境保護稅法實施條例》規定，“自行對汙染物進行監測所獲取的監測數據，符合國家有關規定和監測規範的，視同環境保護稅法第十條第二項規定的監測機構出具的監測數據”，也可以不外聘監測機構，但更需在自我證明“符合規定和規範”上未雨綢繆、留足證據。第三、第四種方法對習慣繳納排汙費的企業來說應該是“換湯不換藥”了，相當壹部分排汙企業和餐飲、娛樂、服務業等第三產業的小規模排汙企業壹直以來都是被動等待環保部門每季度送上門來的《排汙核定通知書》，按照通知書載明的排放量計算繳納排汙費。鑒於《環境保護稅法》條文中明確了排汙系數、物料衡算方法和抽樣測算方法依然是環保部門規定的，我們理解，“費改稅”後，核定排汙量依然是環保部門的職責所在，雖然主體不同了，程序要求也不同了，但納稅人還是可以按環保部門的規定或排汙量核定結果進行納稅申報，當然，重要的還是要保存好測算過程等反映申報數據合規取得的證據。