負責局機關政務工作，監督檢查局機關各項工作制度的落實情況；負責主席團會議的組織和會議決定事項的督辦；負責文秘和公文管理、辦公自動化、重要文件起草、政府信息、保密、檔案、信訪、安全、計劃生育、接待和行政事務管理；負責NPC提案和CPPCC提案的辦理；負責全市衛生事業相關政策、法規和信息的調查、綜合協調和起草工作；負責局機關財務報銷和資產管理；負責衛生政策、信息交流和編輯信息刊物；負責城市衛生綜合目標管理等工作。
(2)政治工作辦公室
按照幹部管理權限，負責局直屬單位領導班子的考核、管理、任免和後備幹部的選拔、培養、考察；指導基層黨組織建設；負責黨員幹部職工的思想政治教育和醫德教育；組織評選表彰優秀黨員和先進黨務工作者；負責下屬單位政工職稱的申報工作；負責局機關系統和機關黨委工作的宣傳和交流報道；負責黨的統戰工作；落實離休幹部“兩待遇”；負責* * *所屬單位團委建設，協助基層選拔年輕幹部，配備* * *團委幹部；負責紀檢監察幹部隊伍建設，負責黨風黨紀教育，負責紀檢監察信訪工作，查辦黨內違法違紀案件。
(3)人事部門
制定全市衛生人才發展規劃；負責全市衛生系列專業技術人員的專業技術資格和職務評審、申報工作；負責下屬單位專業技術崗位的設置和專業技術人員的聘用管理；負責局機關和局機關系統的編制，幹部人事和勞動工資管理；組織實施局目標責任制的考核、獎懲；承擔全市衛生專業技術人員的人事代理工作。
(4)規劃資金辦公室
擬定全市衛生發展規劃和年度計劃，指導全市區域衛生規劃，協調全市衛生資源配置；編制市級衛生財務預決算，監督管理衛生經費的使用；管理局下屬單位的國有資產；指導監察局下屬單位財務計劃和年度基本建設計劃的實施；負責全市醫療衛生機構服務價格管理和監督；組織實施衛生裝備國家標準；負責編制全市基層醫療單位的基本建設和設備計劃並監督實施；負責全市三農衛生建設規劃和年度計劃的實施，協調利用國外衛生貸款；負責全市衛生統計和衛生信息工作，並指導市衛生行業協會的工作。
(5)衛生法制與監督司
擬訂全市衛生立法規劃、衛生法規、技術規範和服務標準，並監督實施；負責全市衛生行政訴訟的復議、應訴和衛生執法監督工作；監督管理全市傳染病防治和食品、職業、環境、輻射、學校衛生等工作；監督食品、化妝品、消毒產品、保健品等健康相關產品質量管理標準的實施，並負責認證。
(6)婦幼保健和社區衛生司
貫徹落實本市有關婦幼保健與生殖健康、社區衛生、健康教育與健康促進、健康科普等方面的法律、法規和政策；研究制定城市基層衛生改革的相關政策法規，並組織實施；依據母嬰保健法及配套法規，監督管理母嬰保健專項技術的實施；組織制定、監督實施提高全市出生人口指標的規劃、政策、措施和技術標準；研究制定城市基層衛生服務網絡和婦幼保健與健康教育機構建設管理的相關政策法規、技術服務標準和培訓規劃，並指導實施；綜合協調全市健康促進和健康教育工作。
(7)醫政辦公室
指導全市醫療機構改革，制定全市醫療機構發展規劃；制定醫療機構的管理辦法和機構標準、專業標準、職業資格和服務標準並監督實施；監督醫療機構的醫療質量和服務質量；制定各種醫療技術標準並組織實施；負責Xi醫療糾紛和醫療事故的技術鑒定和處理；制定Xi采供血機構設置規劃和技術標準，並進行管理、監督和檢查；完善Xi市急救網絡；協助有關部門組織重大傷亡事故的應急救援；負責全市離休幹部、副局級以上領導幹部和高級科技人員的醫療保健服務。
(八)疾病控制部門(愛國衛生運動委員會辦公室、地方病防治辦公室)。
制定傳染病、慢性非傳染性疾病和公共衛生相關疾病的預防控制規劃和措施，並監督實施；組織重大傳染病的綜合防治；組織和派遣技術力量實施突發疫情和疾病的應急處理；預防和控制疫情和疾病的發生和蔓延；負責全市計劃免疫工作；負責全市公共衛生政策法規的宣傳；承擔愛國衛生運動委員會辦公室和市地方病防治辦公室的日常工作。
(9)科技教育司
負責制定和實施全市醫學科技和醫學教育發展的長遠規劃和年度計劃；確定全市衛生科技優先發展領域，制定全市重大醫學疾病研究和應用研究的政策措施；組織醫療衛生技術標準的研究；組織醫療衛生科學技術研究，負責醫學新技術的引進和推廣，指導全市醫學科技成果的評價、鑒定、申報和獎勵工作；負責先進適用技術的推廣和重大醫學科技成果的轉化；負責醫學科技信息交流、知識產權保護等工作；做好全市醫學重點學科和重點專科的建設和管理工作；制定全市醫學教育發展規劃和繼續醫學教育管理措施，並監督實施；負責全市衛生系統科技交流活動。
(10)中醫科
貫徹黨的中醫藥方針政策和法律法規；制定本市中醫藥和中西醫結合發展規劃和年度計劃並組織實施；負責中醫醫療、科研、教育工作；規劃、指導和協調全市中醫醫療、科研、教學機構的結構布局和運行機制改革；制定全市各類中醫醫療機構的管理規範和技術標準並監督實施；實施中醫藥行業醫務人員資格制度；研究和指導全市中西醫結合工作，制定相關管理規範和技術標準；組織實施全市中醫藥科學研究和技術開發以及重大中醫藥科技成果的獎勵、推廣和保密工作；組織制定全市中醫藥人員專業技術培訓和繼續教育計劃，負責中醫藥學術經驗的傳承、整理和研究；指導中華中醫藥學會的工作；安排中醫藥衛生經費和基建經費，並負責組織實施和監督檢查。接觸
(十壹)農村衛生管理辦公室(Xi市新型農村合作醫療辦公室)
貫徹執行國家和省有關農村衛生的法律、法規和規章；擬定全市農村衛生事業、新型農村合作醫療和農村初級衛生保健改革發展的政策、規劃並組織實施；負責新型農村合作醫療的推廣和綜合管理，制定全市農村衛生服務體系建設規劃並組織實施；協調和指導各區縣落實國家和省農村衛生工作的相關政策；依法監督和指導縣級衛生行政部門對鄉村醫生考試和執業註冊的管理；收集和分析農村衛生相關信息。
(十二)離退休人員服務管理辦公室。
黨的機關按照黨章的規定設置。
紀檢監察機構按照市紀委監委發〔2002〕7號文件規定設置。