有機相的選擇，首先考慮的是溶劑的強度和極性。溶劑的強度決定著化合物洗脫需要有機溶劑的量，在反相色譜中隨著溶劑極性的增大而減小。我們常用的幾種有機溶劑的溶劑強度分別為：甲醇2.64，乙腈3.12，四氫呋喃4.4，從數值來看幾種有機溶劑的洗脫能力甲醇<乙腈<四氫呋喃，具體對應起來如下圖所示：
如果某壹化合物能在20%乙腈水的條件下洗脫下來，如果將乙腈換成甲醇，則需約28%甲醇水才能洗脫，而換成四氫呋喃，則只需15%的四氫呋喃就能洗脫。
Tips：上述只是理論上的數據，在實際實驗中，如果需達到相似的保留，將乙腈更換成甲醇，我們建議在上圖的基礎上，額外增加10%甲醇；而將乙腈更換成四氫呋喃時，則需減少5%四氫呋喃。
從三種溶劑的結構上看，甲醇在氫鍵作用下既是強的質子給予體又是強的質子接受體；乙腈具有偶極作用，在氫鍵作用下，又是非常弱的質子接受體；四氫呋喃在氫鍵作用下只能接受質子，不能給予質子。
色譜柱：Drogon 苯基柱 150*4.6mm 5um流動相：20mM磷酸二氫鉀（pH 2.5）: 有機相%（圖示）流速：1.0ml/min檢測波長：UV@220nm化合物：1. 糖精鈉 2. 對羥基苯甲酸 3. 山梨酸 4. 脫氫乙酸 5.對羥基苯甲酸甲酯
如上述實驗結果所示，在使用乙腈和甲醇分別作為洗脫溶劑的時候，出峰順序發生了變化。通過結構來看，糖精鈉是壹個強的質子接受體，而苯甲酸是壹個強的質子給予體，在甲醇做流動相的時候，甲醇既是壹個強的質子接受體又是壹個強的質子給予體，作用互相抵消，他們的洗脫是純粹依靠甲醇本身的洗脫能力；而乙腈只是壹個弱的質子接受體，不能給予質子，相比之下乙腈與苯甲酸之間還多了壹層氫鍵作用，因此，苯甲酸在乙腈中的洗脫更快，導致出峰順序發生了變化。脫氫乙酸和對羥基苯甲酸甲酯這兩種物質，相比而言，對羥基苯甲酸甲酯帶有苯環，而乙腈中的π電子幹擾了它與苯基固定相的結合，因此出峰更快，出峰順序也發生了變化。
Tips：在用苯基柱時，使用甲醇做有機相，能更好的體現苯基的π-π選擇性。同時還可以根據目標化合物接受或給予質子的能力，挑選合適的溶劑作為流動相，能夠取得意想不到的分離效果。
除此之外，溶劑的粘度，紫外吸收截止波長也是我們選擇有機相需要考慮的內容。