三峽工程的不良影響
（1）自然災害
三峽水庫庫容極大，因此必然會增加庫區地震的頻率，由於三峽兩岸山體下部未來長期處於浸泡之中，因此發生山體滑坡、塌方和泥石流的頻率會有所增加，這將是三峽工程所能造成的主要地質災害。
而工程支持者只考慮了地質的靜態狀況，沒有考慮蓄水後可能帶來的地質條件質變。
2007年，三峽庫區平均氣溫較常年明顯偏高，年降水量較常年偏多。
氣象災害頻發，其中暴雨洪澇及其引發的滑坡、泥石流等地質災害比較突出，地震活動仍維持在低強度水平。
暴雨洪澇：2007年4～9月，庫區及其鄰近地區降水表現出前多後少的特征，過程頻繁，強度大，總量多，造成了嚴重的暴雨洪澇災害。
4月1日和21日、6月29日、8月1～2日，9月27～28日，庫區出現4次局地暴雨，5月23～24日、5月30～6月1日、6月16～23日、7月8～12日，7月16～20日，7月28～30日，出現6次區域性暴雨天氣過程，引發了嚴重的暴雨洪澇災害。
據不完全統計，5月23～24日庫區出現的大範圍強降水，造成重慶市彭水、奉節、涪陵、豐都等20個縣（區）和湖北省團風、宜都、利川和神農架林區等4縣（市、區）289.1萬人受災，死亡11人，農作物受災面積11.3萬公頃，直接經濟損失6.73億元。
7月17日重慶市銅梁、璧山、沙坪壩日降水量分別達到179.5毫米、258.0毫米和262.8毫米，均為有氣象記錄以來的最大值，其中沙坪壩日降水量為1892年以來的最大值。
特大暴雨導致山城重慶著名的紅色旅遊烈士墓景區——“渣滓洞”圍墻倒塌，牢房沖毀，景區遭遇到建國以來的最大暴雨災害。
地質災害：專家稱，三峽水庫建成後，逐步淹沒了大量地勢低窪的山體，包括城市、集鎮和村莊，長期浸泡使被淹的山體等發生松軟並沖入了低窪的采礦采空區，這都會導致庫岸坍塌、山體滑坡等。
此外，三峽水庫每逢冬季蓄水、每逢夏季（汛期）放水，水庫水位的周期性漲落，也對沿庫地區造成壓力，會誘發多種地質災害。
2007年4～7月，強降雨過程致使庫區及其鄰近地區多次、持續發生山體滑坡、泥石流等地質災害，因災死亡10余人，直接經濟損失上億元。
4月滑坡、泥石流主要發生在重慶市彭水縣、奉節縣；5月發生在湖北恩施州巴東縣清太坪鎮和水布埡鎮、宜昌市興山縣高陽鎮、高橋鄉和水月寺鎮，恩施州建始縣景陽段，重慶市彭水縣漢葭鎮，巴東縣官渡口鎮水布埡；6月發生在湖北五峰土家族自治縣、巴東縣清太坪鎮、重慶市潼南縣、彭水縣、萬州區等；7月發生在重慶市梁平縣、潼南縣。
6月22日僅幾小時內五峰土家族自治縣就發生較大規模滑坡118處。
雷擊事件：2007年4～8月，庫區及其鄰近地區特別是重慶地區多次發生雷擊事件，***造成21人死亡，災害損失較往年偏重。
其中，4月1日重慶市墊江、綦江雷擊事件造成5人死亡；5月23日重慶市開縣義和鎮興業村小學雷擊事件造成7名小學生死亡，重傷19人，輕傷25人。
大風、冰雹：2007年，庫區及其鄰近地區大風、冰雹等強對流天氣頻發，點多面廣，時間跨度大，從春到夏接連發生，造成的災害損失重於上年。
據統計，***50多個縣次先後遭受了大風、冰雹等局地強對流天氣襲擊，造成3人死亡，230多萬人受災，房屋損毀8.3萬多間，因災經濟損失超過3.8億元。
大霧：2006/2007年冬季及深秋，庫區西部大部地區頻繁出現大霧天氣，使高速公路、鐵路、民航、河運等交通運輸受到不同程度影響，給人們春節出行造成了不便，同時引發了重大交通事故，導致了空氣質量下降，影響人體健康。
2月7日，湖北恩施州鶴峰縣路段因陰雨和大霧發生壹起16人死亡、16人受傷的特大交通事故。
11月9日，大霧封鎖重慶機場，僅1小時就造成30個進出港航班延誤，4個航班被迫取消，4000名旅客滯留機場；成渝高速、渝宜高速等8條高速路先後實施交通管制；水運朝天門三渡輪航線禁航4小時。
幹旱：2007年，庫區幹旱總體較輕。
2006/2007年冬季，受上年夏季川渝特大高溫幹旱的後續影響，重慶市水庫蓄水和稻田蓄水明顯偏少、江河水位普遍在水位低值區徘徊、地下水急劇下降，重慶全市水利工程蓄水量不到歷史同期應蓄水量的50%，全市有150萬人、98萬頭大牲畜出現臨時飲水困難，農作物受旱11.6萬公頃，庫區部分地區工農業生產和生活用水出現困難。
最近長江中下遊地區遭遇50年來罕見幹旱，讓人們的聚焦點再次投註在三峽工程上。
5月18日，國務院常務會議討論通過2009年就已開始啟動編制的《三峽後續工作規劃》。
（2）移民問題
移民是三峽工程最大的難點，在工程總投資中，用於移民安置的經費便占到了45%。
當三峽蓄水完成後，將會淹沒129座城鎮，其中包括萬州、涪陵等兩座中等城市和十多座小城市，會產生113萬移民，在世界工程史上絕無僅有，並且如果庫尾水位超出預計，還會再增加新的移民數量。
移民的安置主要通過就地後靠或者就近搬遷來解決，但後來發現，水庫淹沒了大量耕地，從而導致整個庫區人多地少，生態環境趨於惡化，於是對農村人口又增加了壹種移民方式，就是由 *** 安排，舉家外遷至其他省份居住，目前已經有大約14萬名庫區移民遷到了上海、江蘇、浙江、安徽、福建、江西、山東、湖北（庫區外）、湖南、廣東、重慶（庫區外）、四川等省市生活。
三峽工程實行“開發性移民”模式，即在移民的同時，也伴隨進行大規模的基礎設施建造和產業建設，根本目的是要改善民眾的生活水平。
其經費除了由三峽建設基金撥付外，三峽總公司在電站投產後的若幹年內每年也要支付給地方 *** 壹筆資金用於移民安置。
此外，國家還要求全國的二十壹個省市，每個省對口支援三峽庫區的壹個縣。
但目前的現狀是，雖然移民城鎮的基礎建設較快，但是工業發展較差，大批搬遷的企業破產倒閉，庫區整體呈現出壹種產業空心化的狀態，經濟增長緩慢，失業率較高，並引發壹系列社會問題，如導致數萬人包圍 *** 機關的“萬州事件”。
（3）泥沙淤積和水位
由於有三門峽水電站的前車之鑒，因此泥沙問題始終是三峽工程技術討論的重中之重。
據測算，長江上遊江水每立方米含沙1.2千克左右，每年通過壩址的沙量在5億噸以上。
在三峽工程未建前，這些泥沙大量淤積在曲折的荊江河段，擡高了河床水位，並危脅到整個江漢平原和洞庭湖平原的安危。
當三峽水庫形成後，受水勢變緩和庫尾地區回水影響，泥沙必然會在水庫內尤其是大壩和庫尾（回水的影響）淤積。
工程的反對者如黃萬裏等認為，長江上遊河流所攜裹的除了泥沙，還有顆粒較大的鵝卵石，在三峽大壩築起後將極難排出，會造成堵塞，並向上遊延伸，進而影響重慶。
此後在2002年10月，國務院批準由三峽總公司承建長江上遊幹流金沙江上的烏東德、白鶴灘、溪洛渡和向家壩等四座巨型水電站，其建設目的之壹就是為了分擔三峽庫區的泥沙淤積，減緩三峽庫區的泥沙淤積速度，這也再度引起某些人們對三峽泥沙問題的擔憂。
與泥沙淤積問題同樣極具爭議的，還有水位問題。
在三峽蓄水至135米後，有人發現從大壩到庫尾之間的水位落差多達34.7米，遠遠超過了工程論證報告認為的0.4米，因此擔憂重慶可能會在三峽完全蓄水後被淹沒。
（4）名勝和文物影響
長江三峽是中國著名的風景名勝區，它起自重慶奉節縣白帝城，蜿蜒約200千米至湖北宜昌南津關，由瞿塘峽、巫峽和西陵峽組成，沿途地形險峻，山川秀麗，古跡眾多。
在水庫滿蓄水後，三峽的峽谷感將會受到壹定程度削弱，由於旅遊機構在1990年代廣泛宣傳了“告別三峽遊”，使得人們普遍認為蓄水後的三峽景致不再，因此自2003年以來，三峽的旅遊業便壹落千丈。
三峽蓄水完成後，白鶴梁將永遠淹沒水中，文物部門已經在其周圍建設了巨大的水下無壓透明容器以方便遊客觀賞和學者研究，使之成為世界上第壹座水下的博物館。
地方 *** 還對千年古鎮大昌鎮和屈原祠等實行了整體搬遷，對原本的三面臨水的白帝城實施原址保護，使之成為壹座江中島，而夔州古城（奉節縣城）等無法搬遷保護的就只能永埋水底了。
（5）生態環境影響
三工程對環境和生態的影響非常廣，其中對庫區的影響最直接和顯著，對長江流域也存在重大影響，甚至還有人認為三峽工程將會使得全球的氣候和海洋環境發生重大變化。
庫區人們對三峽工程影響環境的最大擔憂來自於水庫的汙染。
目前三峽兩岸城鎮和遊客的排放的汙水和生活垃圾，都未經處理直接排入長江。
在蓄水後，由於水流靜態化，汙染物不能及時下瀉而蓄積在水庫中，因此已經造成了水質惡化和垃圾漂浮，並可能引發傳染病，部分城鎮已在其他水源采集生活用水。
同時大批移民開墾荒地，也加劇了水體汙染，並產生水土流失的現象。
對此，當地 *** 正在大力興建汙水處理廠和垃圾填埋場以期解決汙染問題，如果發現汙染過於嚴重，也可能會采取大壩增加下泄流量來實現換水。
根據葛洲壩水電站的運行經驗，三峽工程將會對周邊生態造成嚴重的沖擊。
因為有大壩阻隔，魚類無法正常通過三峽，它們的生活習性和遺傳等會發生變異。
三峽完全蓄水後將淹沒560多種陸生珍稀植物，但它們中的絕大多數在淹沒線以上也有分布，只有疏花水柏枝和荷葉鐵線蕨兩種完全在淹沒線以下，現均已遷植。
三峽蓄水後，水域面積擴大，水的蒸發量上升，因此會造成附近地區日夜溫差縮小，改變庫區的氣候環境。
由於水勢和含沙量的變化，三峽還可能改變下遊河段的河水流向和沖積程度，甚至可能會對東海產生壹些影響，並進而改變全球的環境。
但是考慮到海洋的互通性，以及長江在三峽以下的壹千多公裏流程中還有湘江、漢江、贛江等多條重要支流的水量匯入，因此估計不會對全球海洋和氣候環境造成較大的影響。
而且環境的變化是由多種可變因素交織形成的，極其復雜，所以也無法確定三峽工程對環境影響的明細程度。
三峽工程開建以來，澎溪河多次發生“浮萍和水葫蘆瘋長”的水汙染事件。
秭歸縣地質災害防治中心總工程師彭書林說，國內外學者的研究表明，大型水庫建成後對周圍庫區的環境和生態會造成影響，通常認為這壹影響會持續到20年左右才會穩定下來。
據此推斷，未來10年，對三峽庫區的地質災害的監測和治理工作仍不能掉以輕心。
據《中國三峽工程報》報道，在2002年4月，三峽壩區氣候反常，氣溫並沒隨夏季的到來逐漸上升，反而呈下降趨勢。
4月末平均氣溫不足12攝氏度，4月中旬周邊山區還出現較大範圍的降雪，月內有3次降溫過程，溫差升降劇烈。
另外，4月份降水量為236.5毫米，破壩區近10年降水量最高紀錄，破宜昌地區近118年同期降水量最高紀錄，“三峽壩區天氣復雜和劇烈變化程度為近50年同期所少見”。
三峽工程自壹九九二年開工以來，針對工程建設可能對生態環境帶來的不利影響，國家投資近四百億元人民幣對三峽庫區及其上遊水汙染進行防治。
Ⅰ產生消落帶
消落帶，或稱消落區，是水庫特有的壹種現象，是指水庫正常蓄水位以下至防洪限制水位以上區域，因水庫調度用於防洪而產生的臨時性出露於水面的陸地。
三峽工程在完全建成後，冬季水位為175米，夏季防洪水位降至145米，其間30米水位落差暴露出的土地就是消落帶。
據不完全統計，三峽庫區消落帶面積接近400平方公裏。
消落帶對於三峽水庫生態環境的影響主要來自三個方面，周維說，其壹由於沒有植被覆蓋，當夏季這部分土地 *** 出來時會給人“似荒漠化”的感觀影響；其二冬天被水浸泡後沈澱的汙泥和垃圾在夏季有可能產生異臭，滋生病菌和寄生蟲，對水體會造成壹定的影響；其三由於這部分土地無植被覆蓋，對農業生產產生的面源汙染處理能力降低。
Ⅱ珍稀生物
日前在位於湖北宜昌的中華鱘研究所，記者看到人工繁育的中華鱘幸福地“生活”著。
有關專家介紹，三峽工程建設會對當地陸生動植物和水生動植物有壹些影響，庫區陸生脊椎動物有壹級保護動物4種，二級保護動物22種。
受三峽水庫影響的陸生植物物種較多，涉及120科358屬550種。
世界自然基金會和世界資源研究所在其合編的《水壩與生態系統的未來》報告中提到，水壩建設威脅淡水生態系統，全球有21條河流及其流域生態嚴重退化，中國長江流域排名第壹。
長久以來，長江是陸地和淡水生物多樣性中心，擁有322種魚類和169種兩棲動物。
由於水壩的影響，包括中華鱷、中華鱘、江豚、白鶴等被世界自然保護聯盟列為極度瀕危的動物處境都非常危險。
華東師範大學河口研究所教授陸健健透露，1980年代中期，長江口能觀測到的水生底棲動物***有126種，到2002年，能觀測到的只剩下52種。
大量有機物被帶入東海，使得近年來中國舟山群島附近海域大面積的赤潮頻繁暴發。