人民鐵道報社人員編制293人（其中鐵道影視音像中心30人），現有職工離退休職工120人。報社實行黨委領導下的社長負責制。報社內設機構有辦公室（黨委辦公室）、人力資源部（黨委組織部）、計劃財務部、研究策劃部、總編辦公室、新聞部、專刊副刊部、專題部、新媒體發展部、時政報道組、記者通聯部、攝影美術部、網絡技術部、審校室、《報林》編輯部、《旅客報》編輯部、發行部、廣告部、印刷廠、鐵道影視音像中心、網絡輿情信息室，另下屬北京中鐵文化發展中心、北京人鐵文化傳播有限公司等法人實體。
《人民鐵道》報在各鐵路局、原部屬五大公司以及中國人民解放軍總後勤部軍交部設立23個記者站，在鐵道部機關設有時政報道組。除派駐記者外，另在各鐵路局聘特約記者80余名。
人民鐵道報社具有先進的彩色激光照排設備，有較強的計算機排版制作能力。報社印刷廠經過不斷更新改造，擁有現代化、高科技的進口膠印技術設備，實現了編、采、印、發壹條龍作業。