(二)取消公路養路費、航道養護費、公路運輸管理費、公路客貨運附加費、水路運輸管理費、水路客貨運附加費等6項交通規費的管理職責。
(三)加強綜合交通運輸體系的規劃協調，優化交通運輸布局，促進各種運輸方式的銜接，加快形成便捷、暢通、高效、安全的綜合交通運輸體系。
(四)加強區域和城鄉交通協調發展，優先發展公共交通，大力發展農村交通，加快區域和城鄉交通壹體化。(壹)承擔綜合交通運輸體系的規劃和協調工作，會同有關部門組織編制綜合交通運輸體系規劃，指導交通樞紐的規劃和管理。
(二)制定全市公路水運行業規劃、計劃和政策並監督實施；起草相關規範性文件；參與制定現代物流業發展規劃；指導公路水運行業相關體制改革。
(三)承擔道路水路運輸市場監管責任；組織制定全市道路水路交通相關政策、準入制度和運營規範，並監督實施，實施相關技術標準；按規定組織協調重點物資、緊急客貨運輸；指導道路水路運輸服務業的管理。
(四)負責轄區引航管理工作；指導港口設施的保安工作。
(五)負責公路水路固定資產投資的規模和方向，對政府財政資金的安排提出建議；負責全市各種交通規費的征收管理，提出財政、土地、價格等方面的政策建議；負責申報高速公路收費站、內河船閘、超限超載檢測站以及高速公路收費站和內河船閘收費標準；引導行業投融資。
(六)承擔公路水運建設市場的監管責任；監督公路水運工程建設相關政策、制度和技術標準的實施；組織協調公路水運相關重點工程建設、工程質量和安全生產的監督管理，指導公路水運基礎設施的管理和養護；按規定負責港口規劃和岸線使用管理。
(七)參與制定全市國道、省道布局規劃，監督和指導公路及其附屬設施的建設、養護和管理；監督和指導農村公路的規劃、建設、養護和管理。
(八)貫徹交通科技政策、技術標準和規範，組織行業科技發展，推動技術進步；指導行業的環境保護和節能減排；指導行業教育和培訓；負責相關行業統計，發布相關信息。
(九)指導交通運輸方面的合作與交流；負責相關涉外運輸的管理。
(十)指導公路水路安全生產和應急管理工作；負責全市交通戰備工作，並承擔市國防動員委員會的相關工作。
(十壹)承辦市政府交辦的其他工作。