應用範圍不同：偏光顯微鏡主要用於觀察透明度較低或含有雙折射性質的樣品；普通顯微鏡主要用於觀察透明度高的樣品。
操作難度不同：偏光顯微鏡需要進行樣品制片和取樣等專業操作，使用起來較為復雜；普通顯微鏡使用起來較為簡單。