南京理工大學研究生院擁有完整的學位授予體系，擁有18個博士學位壹級學科授權點，49個博士學位二級學科授權點；116碩士學位授權點；有工程碩士、工商管理碩士(MBA)、管理碩士(MPA)專業學位，在職攻讀碩士學位的大學教師，申請同等學力博士或碩士學位授予權的在職人員。
學校現有14個學院，包括機械工程學院、化學工程學院、電子工程與光電技術學院、計算機科學與工程學院、經濟管理學院、能源與動力工程學院、自動化學院、理學院、外國語學院、人文社會科學學院、材料科學與工程學院、環境與生物工程學院、設計藝術與傳媒學院、知識產權學院(全國首家部省共建二級學院)。