1、業務主管單位初審。業務主管單位初審同意後，出具同意變更的文件或在社團提交的變更登記書面申請和變更登記表上簽署意見並加蓋公章。
2、登記機關受理。申請人提交的申報材料齊全、有效後，方可受理。
3、登記機關審查。審查提交的文件的真實性、合法性、有效性，並核實有關登記事項和條件。
4、登記機關核準。經審查和核實後，作出準予登記或者不予登記的書面決定，並及時通知申請登記的社會團體。
5、登記機關發證。對核準變更的社會團體，頒發有關證書，並辦理領證簽字手續。
6、登記機關公告。對核準變更的社會團體，由登記管理機關發布公告。
變更法定代表人應提交的材料
1、法定代表人簽署並加蓋公章的變更登記申請書，申請書應載明變更的事項、變更的理由，法定代表人或負責人因故不能簽署變更登記的申請書的，申請單位還應提交不能簽署理由的文件；
2、民辦非企業單位理事會依照章程規定程序決定變更的會議紀要；
3、業務主管單位對變更事項審查同意的審批文件及執業許可證；
4、法定代表人簽署並加蓋公章的民辦非企業單位變更登記表（根據變更事項壹事壹表）；
5、法定代表人登記表；
6、財務審計報告；
7、變更後的章程草案；
8、民辦非企業單位章程核準表。
9、行政許可申請書。
綜上所述，民辦非企業法人變更，業務主管單位初審同意後，出具同意變更的文件或在社團提交的變更登記書面申請和變更登記表上簽署意見並加蓋公章。
法律依據：
《中華人民***和國公司法》第十三條
公司法定代表人依照公司章程的規定，由董事長、執行董事或者經理擔任，並依法登記。公司法定代表人變更，應當辦理變更登記。