原因1：對稅法、稅收政策理解不準
公司的壹項經營活動是否納稅以及應納稅額大小是由稅收法律、法規、規章和壹系列的規範性文件決定的，實務中，企業納稅申報出現稅會差異，也是基於稅法規定進行納稅調整。因此，法律才是稅收的根本屬性，會計只是計量的工具。現實中，很多基於會計方法的稅收籌劃，改變的只是計量的方法和標準，並未“治本”。
原因2：沒有充分考慮到非稅成本
稅務籌劃中，常常需要根據籌劃方案調整交易的模式、架構，進行壹系列的商業安排，商業安排會引發壹系列的非稅成本，比如：成立新的公司、籌措壹筆過橋資金等都需要壹定的時間周期和人財物的投入，如果沒有統籌好這些因素，也很容易導致稅務籌劃的失敗。
原因3：納稅義務發生並確定後才進行稅務籌劃
古語雖有雲：“亡羊補牢，未為晚也”，但是這句話並不適用稅務籌劃領域，我國現行的18個稅種，每壹個稅種對每壹項納稅義務的發生都規定了特定的條件，壹旦滿足就需要按照相關程序履行納稅義務。
原因4：稅務籌劃缺少“合理商業目的”
根據《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發[2009]2號）的規定，對於“不具有合理商業目的的安排”，稅務機關可以發起壹般反避稅調查，最常見的形式包括：（1）濫用稅收優惠；（2）濫用稅收協定；（3）濫用公司組織形式；（4）利用避稅港避稅；?2015年2月1日實施的《壹般反避稅管理辦法(試行)》對跨境反避稅予以全面的規範，因此，企業在進行稅務籌劃中，需要有“合理商業目的”的證據材料。
原因5：名為“籌劃”，實為偷逃稅
根據《稅收征管法（征求意見稿）》，逃稅是指“納稅人采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或者不申報”，其中，“欺騙、隱瞞手段”是指下列情形：
（1）偽造、變造、轉移、藏匿、毀滅賬簿憑證或者其他相關資料；
（2）編造虛假計稅依據，虛列支出或者轉移、隱匿收入；
（3）騙取稅收優惠資格；
（4）法律、行政法規規定的其他情形。同時規定：“逃避繳納稅款的，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上三倍以下的罰款；涉嫌犯罪的，移送司法機關依法處理。扣繳義務人采取前款所列手段，不繳或者少繳已扣、已收稅款，由稅務機關追繳其不繳或者少繳的稅款，並處不繳或者少繳的稅款百分之五十以上三倍以下的罰款；涉嫌犯罪的，移送司法機關依法處理。”，稅務籌劃觸犯刑事責任，得不償失。
原因6：對潛在稅務風險缺乏專業認知
在現實中，沒有任何法律風險的稅務籌劃方案幾乎是不存在的，可以說，稅務法律風險控制伴隨稅務籌劃的全過程。因此，需要對稅務風險有充分的認知，比如，通過“轉讓定價”進行的“籌劃”通常面臨納稅調整和稅收利息的風險，而通過偽造材料等手段實現少繳稅的目的，則有可能觸犯行政責任甚至刑事責任，所以，稅務籌劃有“雷區”，公司需謹慎。
原因7：缺少公司各部門支持
稅務籌劃是壹項綜合性的工作，需要公司多部門的參與配合。以申請高新技術企業資格為例，需要企業在高新收入、研發費用、核心知識產權、科研人員比例等方面達標，各項指標的合格有賴於各部門的積極參與，需要財務、科研、人力資源等部門在申請高新資格前1-3年，有計劃、有步驟的推進。
原因8：與有關政府部門缺少溝通
鑒於中國稅收立法的現狀，很多事項適用稅收政策並不是十分的清晰，這就需要企業在籌劃中和政府部門確認相關稅收政策的具體適用，但是，需要提醒的是，企業在咨詢相關事項前，應該對籌劃的目標有明確認識，獲取對籌劃方案至關重要的信息，而非全盤告知自己的商業計劃與安排，尤其《稅收征管法（征求意見稿）》增加了“預約裁定制度”，企業征求稅務機關“預約裁定”前，更應該做好準備。
原因9：籌劃後企業稅負率過低
可以說零瑕疵的籌劃方案是不存在的，很多籌劃方案有賴於征納雙方的信息不對稱。如果企業的稅務籌劃方案前期進行的都很順利，但是最終導致企業的稅負率過低，並且無法提供合理的理由，這種情形下，就極容易被稅務機關的納稅評估“盯上”，進而誘發稅務檢查和稽查，通過“放大鏡”式稅務稽查，企業稅務籌劃的瑕疵很難保證不被稅務機關發覺，“秋後算賬”也是有可能的。
原因10：缺乏有實操經驗的專業人士及團隊
其實上述所有的原因都可以歸結到“人”的原因，沒有具有稅務籌劃實操經驗的專業人士或團隊，很難確保稅務籌劃不會出問題。在美國，很多大公司通常聘請具有風險稅務籌劃經驗的稅務律師進行稅務籌劃，盡管收費高昂，但是依然受到企業的歡迎。