在使用生物安全櫃進行實驗操作遵循的原則：慢動作原則、避免震動原則、物品平行放置原則、不同樣品櫃內移動原則、明火使用原則。
1、慢動作原則：
慢動作原則是指在生物安全櫃中進行實驗操作時，為了避免影響櫃內正常的空氣流動和減少操作時的震動，操作者應該盡量平緩地移動雙手，避免快速或劇烈的動作。這樣可以減少櫃內顆粒的擾動，保持櫃內的潔凈度，並確保實驗操作的精準和穩定。
2、物品平行放置原則：
物品平行放置原則是指在生物安全櫃中，為了減少物品之間的交叉汙染，應該盡量將物品平行擺放，成壹字型排列。這樣可以避免物品之間的相互影響，減少汙染的風險。同時，也要註意避免堵塞背部回風隔柵，以保證正常風路暢通，維持櫃內的潔凈度。
3、避免震動原則：
櫃內盡量避免震動儀器（例如離心機、旋渦振蕩器等）的使用，因為震動會使得積留在濾膜上的顆粒物質抖落，導致操作室內部潔凈度降低，同時如果在操作過程中設備失衡還會引起實驗汙染甚至感染操作者。
4、不同樣品櫃內移動原則：
不同樣品櫃內移動原則是指在生物安全櫃內，如果有多個物品需要移動，應該遵循從低汙染物品向高汙染物品移動的原則。這樣可以避免高汙染物品對低汙染物品的交叉汙染，保持櫃內的潔凈度。同時，在移動過程中還要註意避免物品之間的碰撞或摩擦，以減少汙染的風險。
5、明火使用原則：
櫃內盡量不要使用明火。因為在明火使用過程中產生的細小顆粒雜質會被帶入濾膜區域，這些高溫雜質會損壞濾膜。當無法避免而必須使用時，應使用小火燈。